База данных EzTaxon

В биоинформатике База данных EzTaxon представляет собой веб-инструмент для идентификации прокариоты на основе последовательностей гена 16S рибосомной РНК. EzTaxon - это база данных с открытым доступом, созданная и поддерживаемая ChunLab, Inc.

База данных EzTaxon содержит последовательности типовых штаммов прокариотических видов с официально опубликованными названиями. Хотя EzTaxon в основном используется для стандартной идентификации прокариотических изолятов, последовательности из некультивируемых таксонов не были включены. Таким образом, в 2012 году EzTaxon был расширен за счет включения некультивируемых прокариот, а название базы данных было изменено на EzTaxon-e.

Таксоны, включенные в EzTaxon-e, представляют группы некультивируемых последовательностей найдено в общедоступных базах данных. Имена, включенные в EzTaxon-e, не имеют статуса в формальной номенклатуре, но они были созданы, чтобы помочь в сравнении микробных сообществ и разнообразия в природе.

• Новые имена, найденные в EzTaxon-e, образуются путем добавления специальных суффиксов к номерам доступа последовательностей Genbank (например, AB177171_s ->виды, для которых запись последовательности AB177171 служит типу; AB177171_g ->род; AB177171_f ->семейство; AB177171_o ->заказ; AB177171_c ->класс; AB177171_p ->тип).
• Известные имена сохранились по историческим причинам. SAR11, известный морской обитатель, обозначен как SAR11 (заказ) и разделен на 4 семейства (SAR11-1_f - SAR11-4_f).
• На основании в последовательности 16S рРНК филогения некоторые явно неправильно классифицированные виды были переименованы с использованием специальных суффиксов. Например, Bacteroides pectinophilus не является подлинным представителем рода Bacteroides. Однако он может представлять новый род в семействе Lachnospiraceae. Следовательно, в базе данных EzTaxon-e Bacteroides pectinophilus помещен в условно названный новый род Bacteroides_g1.
• Последовательности и предварительные таксоны, начинающиеся с «4P», являются продуктами системы Roche 454 GS FLX Titanium.