Малайзия претендует на исключительную экономическую зону (ИЭЗ) площадью 334 671 км (129 217 квадратных миль) и протяженностью 200 морских миль (370,4 км; 230,2 миль) от его берегов. ИЭЗ включает большую часть южной части Южно-Китайского моря. Малайзия занимает 29-е место по длине береговой линии, составляющей 4675 км (2905 миль). Береговая линия включает две отдельные части Малайзии. Береговая линия полуострова Малайзия на западе составляет 2068 км (1285 миль), а береговая линия Восточной Малайзии - 2607 км (1620 миль). Их разделяет Южно-Китайское море. Общая площадь суши, включая внутренние водоемы, Малайзии составляет 330 803 км (127 724 квадратных миль). Полуостровная Малайзия граничит с Таиландом на севере, а Восточная Малайзия граничит с Брунеем и Индонезией на острове Борнео.
Малайзия имеет территориальные споры в Южно-Китайском море, в основном с Китайской Народной Республикой. Малайзия отвергает заявление Китая о девяти пунктирной линии, которая охватывает большую часть Южно-Китайского моря и простирается намного дальше, чем на 200 морских миль (370,4 км; 230,2 мили) от береговой линии Китая. линия из девяти штрихов проходит через исключительную экономическую зону Малайзии в Южно-Китайском море и сокращает ИЭЗ Малайзии на 2/5.
Во второй половине 1970-х Малайзия и Филиппины начали относиться к островам Спратли как к включенным в их территорию. 11 июня 1978 года президент Филиппин Фердинанд Маркос издал президентский указ № 1596, объявив северо-западную часть островов Спратли (именуемых в нем группой островов Калайан) территорией Филиппин. С 1990-х годов Малайзия занимает 5 из островов Спратли. Строительство Китаем искусственных островов и военных баз сместило баланс сил в основном в сторону Китая в Южно-Китайском море. Помимо Южно-Китайского моря, у Малайзии есть морские споры с Индонезией в блоке Амбалат, расположенном на северо-западной оконечности моря Целебес, где Индонезия утверждает ИЭЗ вплоть до побережья Пулау Сипадан, которая чуть не спровоцировала морское противостояние в мае 2009 г.
Зарегистрированы незаконные промыслы филиппинцев и вьетнамцев. рыбацкие лодки в ИЭЗ Малайзии. Например, в 2016 году их поймали и задержали Королевские военно-морские силы Малайзии. Это связано с увеличением спроса на морепродукты. Запасы морской флоры и фауны сокращаются из-за загрязнения и чрезмерного рыболовства. Вьетнамские рыбаки уезжают дальше от Вьетнама из-за сильного загрязнения воды тайваньским сталелитейным заводом во Вьетнаме, который нанес ущерб морской жизни.. 16 августа 2020 года судно Управления по обеспечению соблюдения морского законодательства Малайзии (MMEA), как сообщается, застрелило вьетнамского рыбака, а также захватило рыболовное судно, на котором рыбаки вели незаконный промысел в законной ИЭЗ Малайзии. Официальные лица из MMEA также подтвердили, что вьетнамские рыбаки пытались агрессивно протаранить судно MMEA, помимо того, что бросили дизельные бомбы в судно MMEA, чтобы поджечь его.
5 апреля 2016 г. власти Индонезии уничтожили 23 незаконных вьетнамских и малайзийских рыболовных судна, вторгшихся в ИЭЗ Индонезии.
Есть индонезийские пираты которые часто атакуют малазийские, сингапурские и вьетнамские суда. Иногда они захватывают самолеты, например, инциденты с угоном MT Orkim Harmony и MT Zafirah. Филиппинские пираты действуют в море Сулу и могут достичь Южно-Китайского моря. Это недалеко от малайзийского штата из Сабаха, расположенного в северной части Борнео.
Ранее председатель Ассоциации рыболовства Куанг Нгаи Фан Хуи Хоанг сказал ему, что рыбаки сказали ему, что к этому делу могут быть причастны филиппинские бандиты. Конечно, это иностранные злоумышленники, но их национальность неизвестна.