Войти
| Эван Бирни. CBE FRS FMedSci | |
|---|---|
 Юэн Бирни в день приема Королевского общества в Лондоне, июль 2014 г. | |
| Родился | Джон Фредерик Уильям Бирни. (1972-12-06) 6 декабря 1972 г. (возраст 47). Паддингтон, Лондон |
| Другие имена | Юэн Бирни. Джон Бирни |
| Образование | Итонский колледж |
| Alma mater | |
| Известен для | |
| Супруг (а) | Ячмень Лейкок (m.2003) |
| Дети | Две |
| награды |
|
| Научная карьера | |
| Области | |
| Учреждения | |
| Тезис | Выравнивание последовательностей в биоинформатике (2000) |
| Докторант | Ричард Дурбин |
| Влияния | |
| Веб-сайт | ewanbirney.com |
Джон Фредерик Уильям Бирни CBE FRS FMedSci (родился 6 декабря 1972 г.) является совместным директором с Рольфом Апвейлером из European Bioinformatics Институт (EBI), в Hinxton, Кембриджшир и заместитель директора Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL). Он также является неисполнительным директором Genomics England, председателем Глобального альянса геномики и здоровья (GA4GH) и почетным профессором по биоинформатике в Кембриджском университете. Бирни внес значительный вклад в геномику, разработав инновационные инструменты биоинформатики и вычислительной биологии. Ранее он работал ассоциированным преподавателем в Wellcome Trust Sanger Institute.
Бирни получил образование в Итонском колледже как стипендиат Оппидана. Перед поступлением в университет Бирни прошел годичный стажировку в Лаборатории Колд-Спринг-Харбор под руководством Джеймса Уотсона и Адриана Крайнера.
Бирни завершил свою Бакалавр гуманитарных наук со степенью по биохимии в Оксфордском университете в 1996 году, где он учился на бакалавриате в Баллиол-колледже, Оксфорд. Он получил степень PhD в Институте Сэнгера под руководством Ричарда Дурбина, когда он был аспирантом Колледжа Святого Иоанна в Кембридже. В его докторском исследовании использовалось динамическое программирование, конечные автоматы и вероятностные автоматы для выравнивания последовательностей.
В то время как он был студентом, он завершил стажировки в офисе мэра Балтимора, а также в финансовых услугах по оценке опционов для Swiss Bank Corporation.
С 2000 по 2003 год Бирни организовал научное пари и тотализатор, известный как GeneSweep, для сообщества специалистов по геномике. делает ставку на оценки общего количества генов (и некодирующей ДНК ) в геноме человека.
Бирни является одним из основателей браузера генома Ensembl и других баз данных, и сыграл роль в секвенировании человеческого генома в 2000 году и анализе функции генома в проекте ENCODE. Он сыграл роль в аннотировании последовательностей генома человека, мыши, курицы и некоторых других организмов. Его исследовательская группа фокусируется на компьютерной геномике и межиндивидуальных различиях у человека и других животных..
Бирни известен своей ролью в консорциуме ENCODE. До проекта ENCODE Бирни участвовал в создании ряда широко используемых инструментов биоинформатики и вычислительной биологии либо напрямую (PairWise, GeneWise, GenomeWise,), либо в сотрудничестве со студентами и постдоками, например Exonerate (с Гаем Слейтером), Энредо (Хавьер Херреро), Пекан (Бенедикт Патен), Ассемблер Velvet (Даниэль Зербино) и CRAM (Маркус Си-Ян Фриц, Раско Лейнонен и Вадим Залунин). Бирни также участвовал в нескольких других проектах, включая базу данных Pfam, InterPro, BioPerl и HMMER и базу данных генома Ensembl. проект.
По состоянию на 2015 год исследовательская группа Бирни фокусируется на геномных алгоритмах и изучении межличностных различий как у человека, так и у других видов. Он руководил несколькими аспирантами и докторантами, которые работали в его лаборатории. Его исследование финансировалось Исследовательским советом по биотехнологии и биологическим наукам (BBSRC), Медицинским исследовательским советом (MRC), Национальным институтом исследования генома человека (NHGRI)., Wellcome Trust и Европейский Союз.
Бирни является консультантом Oxford Nanopore Technologies и членом научного консультативного совета Earlham Institute (ранее TGAC) в Норвиче.
В 2002 году Бирни был назван одним из MIT Technology Review TR100 лучших 100 новаторов в мире моложе 35 лет. В 2003 году он прочитал первую лекцию Фрэнсиса Крика в Королевском обществе : в 2005 году он был удостоен премии Овертона. от Международного общества вычислительной биологии (ISCB) за его поддержку биоинформатики с открытым исходным кодом, вклад в сообщество BioPerl и руководство проектом аннотации генома Ensembl. В 2005 г. Бирни был награжден Премия Бенджамина Франклина в области биоинформатики :
По словам его номинантов, Бирни был значительной силой в области открытого исходного кода в биоинформатике и науке. Он был решительным сторонником того, чтобы информация о геноме была общедоступной. Его работа соруководителем проекта Ensembl позволила сделать высококачественные аннотации генома бесплатно доступными через Интернет, предотвратив классовую систему лабораторий, которые могут и не могут позволить себе оплачивать подписку на частные данные. Проект усердно работал над тем, чтобы сделать данные доступными различными способами, чтобы сделать их доступными и легко доступными для добычи полезных ископаемых. Проект Ensembl с самого начала был открытым, что позволяло исследователям и корпорациям повторно использовать и расширять программную систему. Бирни также был сторонником открытой науки. Вместе с Шоном Эдди он раскритиковал решение журнала разрешить публикацию статей без одновременной публикации данных о последовательности генома. Он также является автором свободно доступного пакета инструментов Wise, которые являются важными частями конвейеров аннотации генома. Он является соруководителем инструментария для биоинформатики с открытым исходным кодом Bioperl, а также соучредителем и в настоящее время является президентом Фонда открытой биоинформатики, организации, поддерживающей разработку нескольких наборов инструментов для биоинформатики.
Бирни стал членом Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) в 2012 году и избран членом Королевского общества (FRS) в 2014 году. В его свидетельстве об избрании и выдвижении кандидатуры говорится:
Юэн стал сильной стороной в области геномики благодаря своим инновациям в области анализа генома, как алгоритмического, так и интегративного анализа. Он написал первую устойчивую к ошибкам программу с учетом сплайсинга выравнивание белков, используемую в человеческом и последующем анализе генома; он был соавтором одного из первых и наиболее широко используемых ассемблеров для короткого чтения. Что касается интеграции данных, Юэн руководил анализом во многих геномных консорциумах, в частности, ENCODE, что привело к интеграции многих геномных анализов; например, создание надежных прогнозов энхансеров, промоторов и их интеграции с регионами, связанными с заболеванием. Он также участвовал в разработке многих широко используемых ресурсов по биоинформатике.
В 2014 году Бирни получил степень почетного доктора наук (DSc) от Лондонского университета Брунеля. В 2015 году Бирни был избран членом Академии медицинских наук (FMedSci). Бирни был назначен главнокомандующим Ордена Британской Империи (CBE) на Новогодних почестях.
Бирни женился на Барли Лэйкоке в 2003 году и имеет двух дети.
В этой статье используется текст, доступный по лицензии CC BY 4.0.
| Академические офисы | ||
|---|---|---|
| Предшествовала. Джанет Торнтон | Директор Европейского института биоинформатики. 2015 – настоящее время | Действующий сотрудник |
