Эрнст Вильгельм Теодор Гаупп (13 июля 1865 - 23 ноября 1916) был немецким анатомом из Бойтен в Верхней Силезии (ныне Бытом, Польша).
Он изучал естественные науки и медицину в Йене, Кенигсберге и Бреслау, где он получил докторскую степень в 1889 году. После этого работал анатомом в Фрайбурге-им-Брайсгау, Кенигсберге и Бреслау (1915).
Гауппа больше всего помнят за его исследования морфологического развития черепа у позвоночных. Ему приписывают создание основы и методологии современных исследований, касающихся морфологии и морфогенеза черепа. Вместе с Карлом Богислаусом Райхертом (1811-1883) он был соавтором теории Райхерта-Гауппа, касающейся происхождения косточек млекопитающих ухо.