Департамент Флориды, был военный административный отдел, созданный Армией Союза. Департамент Флориды был основан 13 апреля 1861 года для защиты и управления несколькими оставшимися федеральными объектами, оставшимися в Флориде. После отделения Флориды в январе 1861 года войска Флориды захватили большую часть федеральной собственности в штате, за исключением форта Захари Тейлор в Ки-Уэст и форта Пикенс в Пенсакола. Военно-морской флот Союза будет использовать порт Ки-Уэст для установления блокады Атлантического побережья и побережья Восточного залива Конфедерации с помощью южноатлантической блокирующей эскадры и Эскадра блокады Восточного залива.
11 января 1862 года Ки-Уэст и береговая линия от мыса Канаверал до реки Апалачикола были отделены от департамента Флориды, чтобы сформировать Департамент Ки-Уэста под командованием бриг. Генерал Джон М. Браннан, Армия США.
15 марта 1862 г. Департамент Флориды был объединен в Департамент Юга.
В конце Гражданской войны появился новый департамент Флориды, подчиненный к, (1865–66) была создана армией Соединенных Штатов 27 июня 1865 года. Она оставалась до 1866 года, когда она была объединена с Департаментом Персидского залива (1866–67).
.