Дэвид Хаусслер

редактировать
Американский биоинформатик
Дэвид Хаусслер
Дэвид Хаусслер 1.jpg
РодилсяДэвид Хаусслер. Октябрь 1953 г. (1953-10) (67 лет)
НациональностьСША
Alma mater
Известен
Награды
Научная карьера
Филдс
УчрежденияКалифорнийский университет, Санта-Круз. Университет Колорадо
Диссертация Вставка и повторная вставка как операции по формальному языку (1982)
Докт. устный советник Анджей Эренфойхт
Докторанты
Другие известные студентыАндерс Крог
Находился под влияниемКэтрин Поллард
Веб-сайтwww.soe.ucsc.edu / people / haussler Измените это в Викиданных

Дэвид Хаусслер (родился в 1953 г.) - американский биоинформатик, известный своими работами возглавлял команду, которая собрала первую последовательность генома человека в гонке для завершения проекта «Геном человека», а затем для сравнительного анализа генома, который углубляет понимание молекулярной функции и эволюции генома. Он является исследователем Медицинского института Говарда Хьюза (HHMI), профессором биомолекулярной инженерии и научным директором-основателем Института геномики Калифорнийского университета в Санта-Крузе Калифорнийского университета в Санта-Круз, директором Калифорнийский институт количественных биологических наук (QB3) в кампусе Калифорнийского университета в Санта-Крус, а также профессор-консультант медицинского факультета Стэнфордского университета и Калифорнийского университета в Сан-Франциско Департамент биофармацевтических наук.

Содержание

  • 1 Образование
  • 2 Карьера и исследования
    • 2.1 Награды и награды
  • 3 Ссылки

Образование

Хаусслер кратко изучал искусство в Академия искусств в Сан-Франциско в 1971 году, а затем психотерапия в колледже Непорочного сердца в Голливуде до 1973 года, когда он перешел в Коннектикутский колледж, окончив в 1975 году специальность математика и мелкие по физике. Он получил степень магистра прикладной математики в Калифорнийском политехническом университете в Сан-Луис-Обиспо в 1979 году. Хаусслер получил докторскую степень по информатике в Университете Колорадо в Боулдере в 1982 году.

Карьера и исследования

Летом, когда он учился в колледже, Хаусслер работал на своего брата Марка Хаусслера, биохимика из Университета Аризоны изучая витамин D метаболизм. Они были первыми, кто измерил уровни кальцитриола, гормональной формы витамина D, в кровотоке человека. С 1975 по 1979 год он путешествовал и работал на различных работах, в том числе на нефтеперерабатывающем заводе в Бургхаузене, Германия, выращивании томатов на Крите и выращивании киви, миндаля и грецких орехов в Темплтоне, Калифорния. Находясь в Темплтоне, он работал над степенью магистра в близлежащем Калифорнийском политехническом университете.

Хаусслер был доцентом кафедры математики и информатики в Денверском университете в Колорадо с 1982-1986 гг. С 1986 года по настоящее время он работал в Калифорнийском университете в Санта-Круз, сначала в отделе компьютерных наук, а в 2004 году в качестве первого члена отделения биомолекулярной инженерии.

В то время как он работал над докторской степенью в области теоретической информатики в Институте компьютерных наук. Университет Колорадо, Хаусслер заинтересовался математическим анализом ДНК вместе с сокурсниками Джином Майерсом, Гэри Стормо и Манфредом Вармутом. Текущее исследование Хаусслера основано на его ранних работах в области машинного обучения. В 1988 году он организовал первый семинар по теории вычислительного обучения с Леонардом Питтом. Вместе с Блюмером, Эренфойхтом и Вармутом он представил структуру Вапника-Червоненкиса в теории вычислительного обучения, решив некоторые проблемы, поставленные Лесли Валиантом. В 1990-х он получил различные результаты в теории информации, эмпирических процессах, искусственном интеллекте, нейронных сетях, статистической теории принятия решений и распознавание образов.

Исследования Хаусслера объединяют математику, информатику и молекулярную биологию. Он разрабатывает новые статистические и алгоритмические методы для изучения молекулярной функции и эволюции генома человека, интегрируя межвидовые сравнительные и высокопроизводительные данные геномики для изучения структуры, функции и регуляции генов. Ему приписывают новаторство в использовании скрытых марковских моделей (HMM), стохастических контекстно-свободных грамматик и дискриминантного метода ядра для анализа ДНК, РНК и белковые последовательности. Он был первым, кто применил последние методы к полному геному поиску биомаркеров экспрессии генов при раке, что в настоящее время является основной задачей его лаборатории.

В качестве соавтора международного проекта генома человека его команда, представившая работу аспиранта Джима Кента по программированию, опубликовала первую общедоступную вычислительную сборку человеческого тела. последовательность генома в Интернете 7 июля 2000 года. После этого его команда разработала UCSC Genome Browser, веб-инструмент, который широко используется в биомедицинских исследованиях и служит платформой для нескольких крупномасштабных геномные проекты. К ним относятся проект ENCODE Национального института исследования генома человека (NHGRI), в котором используются методы omics для изучения функции каждой основы в геноме человека (для который UCSC служит центром координации данных), Коллекция генов млекопитающих NIH, проект NHGRI 1000 геномов для изучения генетической изменчивости человека и проект Национального института рака (NCI) Атлас генома рака, чтобы изучить геномные изменения при раке.

Работа его группы в области информатики по геномике рака, включая браузер UCSC Cancer Genomics Browser, обеспечивает полный цикл анализа от необработанных считываний ДНК до обнаружения и интерпретации мутаций и измененной экспрессии генов в образцах опухолей. Его группа сотрудничает с исследователями медицинских центров по всей стране, в том числе с участниками Stand Up To Cancer «Команды мечты» и Атласа генома рака, чтобы обнаружить молекулярные причины рака и разработать новый персонализированный, основанный на геноме подход к лечению рака.

Хаусслер - один из восьми членов оргкомитета Глобального альянса по обмену геномными и клиническими данными, наряду с Дэвидом Альтшулером из Института Броуда Гарварда и Массачусетского технологического института; Питер Гудхенд и Томас Хадсон из Института онкологических исследований Онтарио ; Брэд Маргус из детского проекта A-T; Элизабет Набел из Бригама и женской больницы; Чарльз Сойерс из Мемориала Слоан-Кеттеринг; и Майкл Стрэттон из Wellcome Trust Sanger Institute.

Он стал соучредителем проекта «Геном 10К» по созданию геномного зоопарка - коллекции последовательностей ДНК, представляющих геномы 10 000 видов позвоночных, - для фиксации генетических разнообразие как ресурс для наук о жизни и всемирных усилий по сохранению.

Посредством экспериментов в мокрой лаборатории Хаусслер изучает и проверяет прогнозы, полученные в результате компьютерных геномных исследований, об эволюции и функции человеческих генов. Например, в своей лаборатории он использует эмбриональные и индуцированные плюрипотентные стволовые клетки для исследования развития нервной системы с функциональной и эволюционной точек зрения. Области исследовательских проектов включают эволюцию генома, сравнительную геномику, альтернативный сплайсинг и функциональную геномику.

Награды и награды

Хаусслер. является членом Национальной академии наук, Национальной инженерной академии, Американской академии искусств и наук и научным сотрудником Ассоциации по развитию искусственного интеллекта (AAAI). Среди его наград - Мемориальная премия Уэлдона 2011 года от Оксфордского университета, премия Американского общества генетики человека (ASHG) 2009 года в области генетики человека ISCB Международное общество вычислительной биологии (которое также избрало его стипендиатом ISCB в 2009 г.), Премией Диксона 2005 г. в области науки Университета Карнеги-Меллона и Ассоциацией вычислительной техники 2003 г. (ACM) / Ассоциация по развитию искусственного интеллекта (AAAI) Премия Аллена Ньюэлла в области искусственного интеллекта.

С Сайрусом Чотиа и Майкл Уотерман, Хаусслер был удостоен премии Дэвида Дэвида 2015 года за свой вклад в область биоинформатики.

Ссылки

На Викискладе есть средства массовой информации, связанные с Дэвид Хаусслер.
Последняя правка сделана 2021-05-17 03:06:43
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте