Войти
Сегмент эталонного генома человека, просматриваемый с помощью Ensembl с включенной дорожкой DECIPHER. Красные столбцы представляют индивидуальные мутации анонимных пациентов с делециями в этом регионе, а зеленые столбцы представляют пациентов с дупликациями в этом регионе. Показанная область включает сегмент хромосомы, отсутствующий у пациентов с синдромом рецидивирующей микроделеции 17q21.3.DECIPHER - это сетевой ресурс и база данных данных геномных вариаций на основе анализа ДНК пациента . Он документирует субмикроскопические хромосомные аномалии (микроделеции и дупликации ) и варианты патогенных последовательностей (однонуклеотидные варианты - SNV, вставки, делеции, InDels) у более чем 25000 пациентов. и отображает их в человеческий геном с помощью Ensembl или UCSC Genome Browser. Кроме того, он каталогизирует клинические характеристики каждого пациента и ведет базу данных микроделеций / дупликаций синдромов вместе со ссылками на соответствующие научные отчеты и группы поддержки.
акроним базы данных хромосомного дисбаланса и фенотипа у людей с использованием Ensembl Resources, DECIPHER был инициирован в 2004 г. в Институте Сэнгера в Соединенном Королевстве при финансовой поддержке Wellcome Trust. Однако он поддерживается международным исследовательским консорциумом, данные о пациентах предоставлены более чем 240 центрами клинической генетики из 33 стран. Каждый центр представлен опытным клиническим генетиком и старшим молекулярным цитогенетиком.
Схематическое изображение делеции хромосомы. DECIPHER сопоставляет обнаруженные у пациентов небольшие делеции с эталонным геномом, созданным в рамках Human Genome Project.DECIPHER был основан в 2004 году Найджелом Картером из Wellcome Trust Sanger Institute и Хелен Ферт, консультантом по клинической генетике в Addenbrooke's Больница в Кембридже. Он преследует три основные цели:
В качестве инструмента для клинических генетиков, цитогенетиков и молекулярных биологов, DECIPHER используется для определения того, были ли идентифицированы вариации числа копий гена у больных имеют клиническое значение. Члены могут визуализировать гены в области ДНК, измененной у своих пациентов, и выяснять, известны ли какие-либо гены, причастные к болезни. Хромосомный дисбаланс является основной причиной задержки развития, неспособности к обучению и врожденных аномалий, и, по словам Эмили Нимитц в статье Nature Genetics, база данных облегчает сотрудничество между исследователями и клиницистами, у которых есть пациенты с аналогичными клиническими характеристиками, что может «помочь в открытии новых синдромов и в распознавании генов, имеющих клиническое значение».
Пациенты вводятся в DECIPHER зарегистрированными членами консорциума. Обычно клинический генетик организует хромосомный анализ (обычно на основе микроматрицы ) ДНК пациента. Возможная микроделеция / микродупликация может быть идентифицирована, но ее медицинское значение неизвестно. Врач может ввести анонимные данные в ограниченную, защищенную паролем базу данных DECIPHER и сопоставить местоположение и размер хромосомной делеции / дупликации с эталонным геномом. Используя DECIPHER, клиницист может затем идентифицировать конкретные гены, затронутые делецией / дупликацией, определить, имеют ли какие-либо известные клинические значения (например, были ли удалены гены-супрессоры опухоли ), и просмотреть область в Обозреватель генома Ensembl, чтобы увидеть, есть ли в DECIPHER другие согласованные пациенты с перекрывающимися удалениями / дупликациями. Это позволяет лучше установить, является ли изменение количества копий нормальным полиморфным вариантом или вероятной причиной клинических симптомов пациента. Затем врач может проконсультировать пациента о вероятном значении делеции / дупликации и ее последствиях для его здоровья.
Данные каждого пациента анонимны и представлены только идентификатором со связанным генотипом и набор клинических симптомов (фенотипы ). Данные пациента становятся доступными для других членов консорциума и просматриваются через Ensembl, если пациентом подписана форма согласия. При информированном согласии анонимное удаление / дублирование и фенотипы становятся доступными для просмотра членам консорциума DECIPHER и общедоступным пользователям с разными уровнями доступа (например, только зарегистрированные пользователи могут видеть контактные данные центра, который ввел данные). Общедоступные пользователи, которые хотят найти дополнительную информацию о пациенте, могут отправить запрос в DECIPHER, который затем перешлет его координатору-клиницисту, ответственному за центр отправки.
Большинство пациентов, помещенных в DECIPHER, демонстрируют генетические мутации, которые очень редко встречаются в общей популяции. Следовательно, вероятность того, что одни и те же врачи встретят похожих пациентов, также мала. Поскольку DECIPHER открыт для любого аккредитованного клинициста или цитогенетика со всего мира, шансы обнаружить подобные редкие случаи значительно увеличиваются. Этот обмен клинической генетической информацией в режиме онлайн не только способствует лучшему пониманию микроделеций / микродупликаций и связанных с ними патогенных фенотипов, но также способствует обнаружению новых синдромов. По состоянию на январь 2014 года в базу данных DECIPHER внесено более 23000 пациентов, из которых более 10000 получили согласие.
Соответствующее согласие на ввод данных пациента в DECIPHER получает лечащий врач. Согласие пациента может быть отозвано в любой момент, а его данные будут удалены. Часто записи о детях отображаются с согласия их родителей или опекунов. DECIPHER сообщает, что, когда ребенок достигнет возраста шестнадцати лет, он или она будут уведомлены о записи и ему будет предоставлена возможность отказаться от участия или продолжить участие в нем. Каждый членский центр, использующий DECIPHER, получает этическое одобрение исследовательского этического комитета в своем учреждении или стране, где это применимо. В Великобритании Офис комиссара по информации был уведомлен о DECIPHER в соответствии с Законом о защите данных 1998. Проект курируется консультативным советом представителями генетики человека, вычислительной биологии, этики и права.
Для обеспечения конфиденциальности информации данные передаются через зашифрованное соединение TLS / SSL. Только доверенные лица из признанных медицинских исследовательских центров могут получить доступ к идентификатору центра, который представил другого пациента (что позволяет им связаться с клиницистами пациента, если они захотят сотрудничать). Представители общественности могут просматривать согласованные анонимные данные пациента в DECIPHER и Ensembl без указания личности отправившего центра.
