Файл кристаллографической информации

Файл кристаллографической информации (CIF) - это стандартный формат текстового файла для представления кристаллографической информации, опубликованный Международным союзом кристаллографии (IUCr). CIF был разработан Рабочей группой IUCr по кристаллографической информации в рамках усилий, спонсируемых Комиссией IUCr по кристаллографическим данным и Комиссией IUCr по журналам. Формат файла был первоначально опубликован Холлом, Алленом и Брауном и с тех пор был пересмотрен, последняя версия - 1.1. Полные спецификации формата доступны на сайте IUCr. Многие компьютерные программы для молекулярного просмотра совместимы с этим форматом, включая Jmol.

Тесно связан mmCIF, макромолекулярный CIF, который предназначен в качестве альтернативы формату банка данных белка (PDB). Теперь это формат по умолчанию, используемый Банком данных белков. Также тесно связана Crystallographic Information Framework, более широкая система протоколов обмена, основанная на словарях данных и реляционных правилах, выражаемых в различных машиночитаемых проявлениях, включая, помимо прочего, файл кристаллографической информации и XML..

Ссылки

1. ^Hall SR, Allen FH, Brown ID (1991). «Файл кристаллографической информации (CIF): новый стандартный архивный файл для кристаллографии». Acta Crystallographica Раздел A Основы кристаллографии. 47 (6): 655–685. doi : 10.1107 / S010876739101067X.
2. ^Brown ID, McMahon B (2002). «CIF: компьютерный язык кристаллографии». Acta Crystallographica Раздел B Структурные науки. 58 (Pt 3 Pt 1): 317–24. doi : 10.1107 / s0108768102003464. PMID 12037350.
3. ^Bourne, PE; Берман, HM; МакМэхон, B; Watenpaugh, KD; Вестбрук, JD; Фитцджеральд П.М. (1997). "Файл макромолекулярной кристаллографической информации". Методы в энзимологии. 277 : 571–90. DOI : 10.1016 / s0076-6879 (97) 77032-0. PMID 18488325.
4. ^Adams, PD; Афонин П.В. Баскаран, К; Берман, HM; Беррисфорд, Дж; Bricogne, G; Браун, Д.Г.; Берли, СК; Чен, М; Feng, Z; Фленсбург, К; Гутманас, А; Hoch, JC; Икегава, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Курису, G; Лян, Y; Либшнер, Д; Мак, Л; Markley, JL; Мориарти, Северо-Запад; Муршудов, Г.Н. Благородный, M; Peisach, E; Персикова, я; Пун, Б.К.; Соболев, О.В. Ульрих, EL; Веланкар, S; Vonrhein, C; Вестбрук, Дж; Войдыр, М; Йокочи, М; Янг, JY (1 апреля 2019 г.). «Объявление об обязательной передаче файлов формата PDBx / mmCIF для кристаллографических осаждений в Банк данных белков (PDB)». Acta Crystallographica Раздел D. 75 (Pt 4): 451–454. doi : 10.1107 / S2059798319004522. PMC 6465986. PMID 30988261.

Внешние ссылки

• Международный союз кристаллографии