Войти
| Упаковка коронавируса сигнал | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности Corona_package | |
| Идентификаторы | |
| Символ | Corona_package |
| Rfam | RF00182 |
| Другие данные | |
| РНК тип | Cis-reg |
| Домен (ы) | Вирусы |
| SO | 0000233 |
| PDB структуры | PDBe |
The Сигнал упаковки коронавируса представляет собой консервативный цис-регуляторный элемент, обнаруженный в бетакоронавирусе (входит в подсемейство Coronavirus из вирусов ). Он играет важную роль в регулировании упаковки вирусного генома в капсид. В рамках жизненного цикла вируса внутри инфицированной клетки вирусный геном связывается с вирусными белками и объединяется в новые инфекционные потомки вирусов. Этот процесс называется упаковкой и жизненно важен для репликации вируса.
Сигнал упаковки обнаруживается в геноме положительно-смысловой одноцепочечной РНК. Он взаимодействует с вирусными белками (M и N) и обеспечивает избирательную упаковку вирусной РНК в вирионы.
Этот элемент РНК консервативен в Embecovirus (ранее известный как линия A Betacoronavirus), который включает вирус гепатита мыши (MHV), коронавирус крупного рогатого скота (BCoV) и человеческие коронавирусы, такие как HCoV-HKU1 и HCoV-OC43. Примечательно, что этот элемент отсутствует в других вирусных линиях, которые развили отдельные сигналы упаковки. Например, его нет в SARS-CoV и SARS-CoV-2 (вопреки предыдущим утверждениям, которые были опровергнуты).
Сигнал упаковки имеет консервативную вторичную структуру РНК, содержащую четыре мотива внутренней петли AGC / GUAAU. Внутри вирусного генома сигнал упаковки находится в неструктурном белке 15 (nsp15) и кодирует полипептид, который находится на поверхности белка nsp15. Удаление сигнала упаковки или введение мутаций, которые нарушают его вторичную структуру, но не кодируемого пептида, приводят к потере специфичности упаковки. В то же время перемещение сигнала упаковки в другую часть генома не оказало отрицательного влияния на упаковку.
Другие семейства РНК, идентифицированные в коронавирусе, включают, элемент стимуляции сдвига рамки кадра коронавируса, коронавирусный 3 'мотив, похожий на стебель-петлю II (s2m), а также 5'- и 3' псевдоузел UTR.