Войти
Коронавирус геномы одноцепочечные молекулы РНК с положительным смыслом с нетранслируемой областью (UTR) на 5'-конце, которая называется 5 ′ UTR. 5'-UTR отвечает за важные биологические функции, такие как вирусная репликация, транскрипция и упаковка. 5'-UTR имеет консервативную РНК вторичную структуру, но разные роды коронавирусов (альфа-, бета-, гамма- и дельтакоронавирусы) имеют различные структурные особенности, описанные ниже.
Консенсус вторичной структуры и консервации последовательности aCoV-5UTR (Rfam RF03116 ).Первые 150-200 нуклеотидов в пределах 5'-UTR альфакоронавирусов высоко структурированы и показано, что они консервативны на структурном уровне. Предполагается, что 5'-UTR содержат три консервативных стволовых петли :
Ниже SL4 лежит SL5, который перекрывается с первой ORF вирусного генома. Три концевые петли SL5 содержат консервативную последовательность 5'-UUCCGU-3 'и, как полагают, действуют как сигнал упаковки.
Консенсус вторичная структура и сохранение последовательности bCoV-5UTR (Rfam RF03117 ). Первые 3 спирали - это SL1, SL2 и SL4, а последние 3 являются частями SL5. Как и в случае с альфакоронавирусом, первые 150-200 нуклеотидов в пределах Бетакоронавируса 5 'UTR имеют высокую структуру и содержат три консервативные стволовые петли (SL1, SL2 и SL4).
SARS-CoV и BCoV имеют дополнительную стержневую петлю, называемую SL3, которая содержит последовательность TRS-L в своей области петли. Это важно для синтеза sgRNA во время репликации вируса. Однако, согласно прогнозам, SL3 нестабилен в других бета-коронавирусах, таких как MHV.
. Подобно другим сарбековирусам, 5'-UTR SARS-CoV-2, как предполагается, будет состоять из 4 различных стволов. -круги, а именно SL1, SL2, SL3 и SL4. Кроме того, присутствует более крупная структура, SL5, которая включает первые ORF полипротеина. Обратите внимание, что SL3 обычно присутствует в коронавирусах SARS, но не обязательно сохраняется среди других бета-коронавирусов.
5'-UTR гаммакоронавирусов аналогичен 5'-UTR альфа- и бетакоронавирусов, поскольку они также содержат три спирали, обозначенные как SL1, SL2 и SL4. Кроме того, в субпопуляции гаммакоронавирусов наблюдается третья петля-стебель, SL3 . SL1 и SL2 оказывают основное влияние на уровень репликации вируса, тогда как предполагается, что SL4 играет роль «спейсера» во время переключения матрицы в синтезе sgRNA.
Консенсус вторичная структура и сохранение последовательности dCoV-5UTR (Rfam RF03119 ).5'UTR Дельтакоронавирусы похожи на 5'UTR альфа- и бетакоронавирусов, поскольку они также содержат три спирали, обозначенные как SL1, SL2 и SL4. Прогнозы показывают консервативную четвертую стеблевую петлю (SL3 ) между SL2 и SL4, иногда также наблюдается у бета- и гаммакоронавирусов. SL3 обычно обнажает последовательность TRS-L в области петли.
