Матричная металлопептидаза 1 (интерстициальная коллагеназа) | |
---|---|
Идентификаторы | |
Символ | MMP1 |
Ген NCBI | 4312 |
HGNC | 7155 |
OMIM | 120353 |
RefSeq | NM_002421 |
UniProt | P03956 |
Прочие данные | |
номер EC | 3.4.24.7 |
Локус | Chr. 11 q21-q22 |
Матричная металлопептидаза 8 (нейтрофильная коллагеназа) | |
---|---|
Идентификаторы | |
Символ | MMP8 |
Ген NCBI | 4317 |
HGNC | 7175 |
OMIM | 120355 |
RefSeq | NM_002424 |
UniProt | P22894 |
Другие данные | |
номер EC | Хромосома = 11 3.4.24.3 Хромосома = 11 |
Пептидаза M9 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||
Символ | Пептидаза M9 | ||||||||
Pfam | PF01752 | ||||||||
Pfam клан | CL0126 | ||||||||
InterPro | IPR013510 | ||||||||
MEROPS | M9 | ||||||||
|
Коллагеназы - это ферменты, которые разрывают пептидные связи в коллагене. Они способствуют разрушению внеклеточных структур в патогенезе бактерий, таких как Clostridium. Они считаются фактором вирулентности, способствующим распространению газовой гангрены. Обычно они нацелены на соединительную ткань в мышечных клетках и других органах тела.
Коллаген, ключевой компонент внеклеточного матрикса животных, вырабатывается посредством расщепления протока. коллаген коллагеназой, как только он был секретирован из клетки. Это предотвращает образование крупных структур внутри самой клетки.
Помимо того, что коллагеназа вырабатывается некоторыми бактериями, она может вырабатываться организмом как часть его нормального иммунного ответа. Это производство индуцируется цитокинами, которые стимулируют клетки, такие как фибробласты и остеобласты, и могут вызывать непрямое повреждение тканей.
Коллагеназы одобрены для использования в медицине для
Эта группа металлопептидаз составляет MEROPS пептидаз семейства M9, подсемейства M9A и M9B (микробная коллагеназа, клан MA (E)). белковая укладка домена пептидазы для членов этого семейства напоминает термолизин, пример типа для клана МА и предсказанные остатки активного сайта для членов этого семейства и термолизина встречаются в мотиве HEXXH.
Микробные коллагеназы были идентифицированы из m бактерий как родов Vibrio, так и Clostridium. Коллагеназа используется во время бактериальной атаки для разрушения коллагенового барьера хозяина во время инвазии. Вибрион бактерии иногда используются в больницах для удаления мертвых тканей от ожогов и язв. Clostridium histolyticum - патоген, вызывающий газовую гангрену; тем не менее, изолированную коллагеназу использовали для лечения пролежней. Расщепление коллагена происходит по Xaa + Got у бактерий Vibrio и по связям Yaa + Gly в коллагеназах Clostridium.
Анализ первичной структуры гена продукт из Clostridium perfringens показал, что фермент продуцируется с участком из 86 остатков, которые содержат предполагаемую сигнальную последовательность. Внутри этого участка находится PLGP, аминокислотная последовательность, типичная для субстратов коллагеназы . Таким образом, эта последовательность может быть вовлечена в самопроцессинг коллагеназы.
Металлопротеазы являются наиболее разнообразными из семи основных типов протеазы, имеющими более 50 семейств определены на сегодняшний день. В этих ферментах двухвалентный катион, обычно цинк, активирует молекулу воды. Ион металла удерживается на месте лигандами аминокислоты, обычно трех. Известными металлическими лигандами являются His, Glu, Asp или Lys, и для катализа требуется по крайней мере еще один остаток, который может играть электрофильную роль. Из известных металлопротеиназ около половины содержат мотив HEXXH, который, как было показано в кристаллографических исследованиях, является частью сайта связывания металла. Мотив HEXXH является относительно распространенным, но для металлопротеаз может быть более строго определен как 'abXHEbbHbc', где 'a' чаще всего означает валин или треонин и является частью субсайта S1 '. в термолизине и неприлизине «b» представляет собой незаряженный остаток, а «c» - гидрофобный остаток. Пролин никогда не встречается в этом сайте, возможно потому, что он нарушил бы спиральную структуру, принятую этим мотивом в металлопротеазах.
Коллагеназы могут использоваться для смягчения мяса аналогично широко применяемым тендеризаторам папаин, бромелайн и фикаин.