Геномика хордовых
редактировать
Геномика хордовых - это исследование эволюции хордовых клады на основе сравнения геномов нескольких видов внутри клады. Поле зависит от данных всего генома (всей последовательности ДНК ) организмов. Он использует сравнения блоков синтении, транслокации хромосом и других геномных перестроек для определения эволюционной истории клады и для реконструкции генома вида-основателя.
Содержание
- 1 Результаты
- 1.1 Филогения
- 1.2 Синтения
- 1.3 Дублирование генома
- 2 Ссылки
Результаты
Филогения
Глубокое ветвление хордовых филогении было выяснено с помощью хордовой геномики. Геномика хордовых показывает, что ланцетники являются самой основной живой кладой в пределах хордовых, в то время как оболочники являются сестринской кладой Craniata.
Synteny
<50.>Сравнение геномов Lancelet Branchiostoma floridae,
рыбы,
курицы Gallus gallus и
человека Homo sapiens выявило обширную макро-
синтению с небольшой микросинтенией или без нее. То есть в кладе хордовых одни и те же гены находятся в кластерах рядом друг с другом, хотя порядок генов в кластерах был перетасован. В геноме человека имеется 135 идентифицируемых сегментов, которые сохраняют синтению с наследственной хордовой
кариотипом.
Анализ синтении показывает, что у последнего общего предка хордовых было 17 хромосом.
Дублирование генома
Множественные экспериментальные данные убедительно свидетельствуют о том, что дважды в линии, ведущей к телеосту рыбе, был продублирован наследственный геном хордовых. Сравнение геномов Lancelet Branchiostoma floridae, Tunicates Ciona Кишечник и Oikopleura dioica, миноги Petromyzon marinus, рыбы Fugu rubripes и Gasterosteus aculeatus, цыпленка Gallus gallus и человек Homo sapiens подтвердили, что две полногеномные дупликации произошли в ранней истории клада Vertebrata.
Литература
- ^«Геном амфиоксуса и эволюция хордового кариотипа». Николас Х. Патнэм и др. Nature 453 1064-1071, (2008)
- ^«Геном амфиоксуса и эволюция хордового кариотипа». Николас Х. Патнэм и др. Nature 453 1064-1071, (2008)
- ^«Геном амфиоксуса и эволюция хордового кариотипа». Николас Х. Патнэм и др. Nature 453 1064-1071, (2008)
- ^«Анализ генов миноги и миксины показывает сложную историю дупликаций генов во время ранней эволюции позвоночных». H. Excriva и др., Mol. Биол. Evol. 19, 1440-1450 (2002)
- ^«Дублирование генома у рыб-телесоста Tetraodon nigroviridis обнаруживает ранний протокариотип позвоночных». O. Jaillon, et al., Nature 431, 946-957 (2004)
- ^«Новое свидетельство полногеномных дупликаций в происхождении позвоночных с использованием набора генов амфиоксуса и завершенных геномов животных». G. Panopoulou и др. Genome Res. 13, 1056-1066 (2003)
- ^«Анализ генома фугу предоставляет доказательства дупликации всего генома на ранних этапах эволюции рыб с лучевыми плавниками». A. Christoffeles и др. Мол. Биол. Evol. 21, 1146-1151 (2004)
- ^«Геном амфиоксуса и эволюция хордового кариотипа». Николас Х. Патнэм и др. Природа 453 1064-1071, (2008)
.