Дисульфид-гидролаза

редактировать
Дисульфид-гидролаза
Идентификаторы
Номер ЕС 3.13.1.5
Базы данных
IntEnz IntEnz view
BRENDA BRENDA entry
ExPASy NiceZyme view
KEGG KEGG entry
MetaCyc метаболический путь
PRIAM профиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum
Идентификаторы
Символ?
SCOPe 1can / SUPFAM

Дисульфидгидролаза - фермент с молекулярная масса 23 576 Да. Фермент гексадекамерный. Он катализирует гидролиз сероуглерода.

Дисульфид углерода естественным образом встречается в грязевых ваннах вулканических сольфатар. Это предшественник сероводорода, который является донором электронов. Было обнаружено, что гипертермофильный штамм Acidianus превращает CS 2 в H 2 S и CO 2.

. Фермент подобен ферменту углеангидраз. Ферментный мономер гидролазы CS 2 проявляет типичную β-карбоангидразную складку и активный сайт. Два из этих мономеров образуют тесно переплетенный димер с центральным β-слоем, покрытым α-спиральным доменом. Четыре димера образуют квадратное октамерное кольцо за счет взаимодействия длинных плеч на N- и C-концах. Подобные кольцевые структуры наблюдались в штаммах карбоангидраз, однако в CS 2 гидролаза представляет собой фермент, состоящий из двух октамерных колец, образующих гексадекамер, блокирующихся под прямым углом друг к другу. Это приводит к блокированию входа в активный центр и образованию единственного высокогидрофобного туннеля длиной 15 Å, который функционирует как фильтр специфичности. Это обеспечивает ключевое различие между карбоангидразой и гидролазой CS 2. Этот туннель определяет субстратную специфичность фермента для CS 2, который также является гидрофобным.

Механизм

Эта гидролаза превращает CS 2 в H 2 S. Процесс аналогичен гидратации CO 2 карбоангидразой. Это сходство указывает на вероятный механизм. Цинк в активном центре является тетраэдрическим и координируется Cys 35, His 88, Cys 91 и водой. Воду депротонируют с получением гидроксида цинка, который добавляет субстрат, чтобы получить промежуточное соединение Zn-O-C (S) SH. Аналогичный процесс предлагается для преобразования COS в CO2.

CS2+ H 2 O → COS + H 2S
COS + H 2 O → CO 2 + H 2S

Форма апофермента, лишенная кофактора цинка, имеет молекулярную массу 382815,4 г / моль. Ион хлорида и 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-тридекаоксагентетраконтан-1,41-диол (C28H58O15) являются двумя основными лигандами, присутствующими в ферменте. в таком виде. В этой форме видны 16 полимерных цепей, которые вносят вклад в тяжелость фермента. Эту форму также иногда называют формой селенометионина.

Ссылки

  1. ^ Smeulders MJ, Barends TR, Pol A, Scherer A, Zandvoort MH, Udvarhelyi A, Khadem AF, Menzel A, Hermans J, Shoeman RL, Wessels HJ, van den Heuvel LP, Russ L, Schlichting I, Jetten MS, Op den Camp HJ (2011). «Эволюция нового фермента для превращения сероуглерода ацидотермофильным археоном». Природа. 478 (7369): 412–416. Bibcode : 2011Natur.478..412S. doi : 10.1038 / nature10464. PMID 22012399.
  2. ^Smeulders, MJ.; Барендс, Тр.; Pol, A.; Scherer, A.; Зандвоорт, MH.; Удвархелый, А.; Khadem, AF.; Menzel, A.; Hermans, J.; Shoeman, RL.; Wessels, HJ.; Van den Heuvel, LP; Русь, Л.; Schlichting, I.; Jetten, MS.; Op den Camp, HJ. Банк данных RCSB Protein, 2011, doi :10.2210/pdb3teo/pdb
Последняя правка сделана 2021-05-14 07:13:48
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте