Войти
| Разработчик (и) | Центр биомедицинской информатики и информации NCI Technology (CBIIT), Государственный университет штата Огайо Исследовательский фонд, Чикагский университет - Аргоннская национальная лаборатория, SemanticBits LLC, Ekagra Software Technologies |
|---|---|
| Тип | Grid computing, Web-сервис |
| Лицензия | BSD 3-Clause |
| Веб-сайт | cagrid.org |
Грид биомедицинской информатики рака (caBIG ) была правительственной программой США по разработке открытой информационной сети с открытым доступом под названием caGrid для безопасного обмена данными об исследованиях рака. Инициатива была разработана Национальным институтом рака (входит в Национальные институты здравоохранения ) и поддерживалась Центром биомедицинской информатики и информационных технологий (CBIIT). В 2011 году отчет caBIG вызвал серьезные вопросы об эффективности и надзоре, а его бюджет и объем были значительно сокращены. В мае 2012 года была создана Национальная программа информатики рака (NCIP) в качестве преемницы caBIG.
Весной 2004 г. Национальный институт рака (NCI) США профинансировал инициативу «Грид биомедицинской информатики рака» (caBIG), возглавляемую Кеннетом Буетоу. Его цель состояла в том, чтобы соединить американских исследователей биомедицинского рака с помощью технологии, известной как grid computing. Программа, возглавляемая Центром биоинформатики и информационных технологий (CBIIT), началась с трехлетнего пилотного этапа. Пилотный этап завершился в марте 2007 года, и было объявлено о проведении испытания. Buetow продвигал эту программу в 2008 году.
Помимо caGrid, базовой инфраструктуры для обмена данными между организациями, caBIG разработала программные инструменты, политики совместного использования данных, а также общие стандарты и словари для облегчения обмена данными.
Целевые программные инструменты:
caBIG стремилась предоставить фундаментальную технологию для подхода к биомедицине, который он назвал «обучающейся системой здравоохранения». Это основано на быстром обмене информацией между всеми секторами исследований и медицинской помощи, так что исследователи и клиницисты могут совместно анализировать и точно включать последние результаты в свою работу. Конечная цель состояла в том, чтобы ускорить процесс биомедицинских исследований. Его также продвигали за то, что часто называют Персонализированная медицина. Технология caBIG использовалась в адаптивных клинических испытаниях, таких как Исследование серийных исследований для прогнозирования терапевтического ответа с помощью визуализации и молекулярного анализа 2 (I-SPY2), который был разработан для использования биомаркеров для определения подходящей терапии для женщин с запущенным раком груди.
Информационные технологии здравоохранения (HIT) были продвинуты для управления и безопасного обмена медицинской информацией между исследователями, поставщиками медицинских услуг и потребители. Инициативы HIT с упоминанием caBIG: NCI и Американское общество клинической онкологии инициировали сотрудничество по созданию системы электронных медицинских карт для конкретных онкологий с использованием стандартов caBIG для взаимодействия, что позволит онкологам управлять информацией о пациентах в электронном формате, который точно отражает конкретные интервенционные проблемы, характерные только для онкологии. Общенациональная сеть медицинской информации была инициативой по обмену клиническими данными пациентов из географически разрозненных источников и созданию общенационального обмена медицинской информацией с электронной связью. Это могло быть как-то связано.
Консорциум BIG Health был сформирован в 2008 году для продвижения персонализированной медицины, но распущен в 2012 году. В июле 2009 года caBIG объявила о сотрудничестве с доктором Susan Love Исследовательский фонд для создания онлайн-когорты женщин, желающих участвовать в клинических испытаниях. Названная «Армия женщин», в ее базе данных была цель - миллион; к декабрю 2009 года сайт был «запущен», и к 2010 году на него было подписано около 30 000 женщин и мужчин.
Атлас генома рака был направлен на описание более 10 000 опухолей, по крайней мере, 20 видов рака к 2015 году. caBIG обеспечил подключение, стандарты данных и инструменты для сбора, организации, обмена и анализа разнообразных исследовательских данных в своей базе данных. С 2007 года NCI работал с Национальным институтом исследования рака Великобритании (NCRI). Обе организации поделились технологиями для совместных исследований и безопасного обмена исследовательскими данными с использованием caGrid и веб-портала NCRI Oncology Information Exchange (ONIX) , о котором было объявлено в августе 2009 года. ONIX закрылся в марте 2012 года. Институт рака Герцога использовал инструменты клинических испытаний caBIG в сотрудничестве с Пекинской онкологической больницей Пекинского университета.
Проект направлен на подключение 65 онкологических центров, назначенных NCI, для обеспечения совместной работы. исследование. Участвующие организации могут либо «принять» инструменты caBIG для обмена данными напрямую через caGrid, либо «адаптировать» коммерческое программное обеспечение или программное обеспечение собственной разработки для обеспечения совместимости с caBIG. Программа caBIG разработала комплекты разработки программного обеспечения (SDK) для совместимых программных инструментов и инструкции по процессу адаптации существующих инструментов или разработки приложений для обеспечения совместимости с caBIG.
Программа Enterprise Support Network включала в себя опыт работы в конкретной области и поставщиков услуг поддержки, сторонние организации, которые предоставляют помощь на основе контрактов на оказание услуг. Веб-портал, использующий программное обеспечение Liferay, был доступен с 2008 по 2013 год.
С 2004 года программа caBIG использовала открытый исходный код сообщества, адаптированные из других государственно-частных партнерств. Программа caBIG производила программное обеспечение по контракту с группами разработчиков программного обеспечения, в основном в рамках коммерческого исследовательского сообщества.
В целом программное обеспечение, разработанное по контрактам правительства США, является собственностью правительства США и налогоплательщиков США. В зависимости от условий конкретных контрактов, они могут быть доступны только по запросу в соответствии с Законом о свободе информации (FOIA). Своевременность ответа на такие запросы может помешать инициатору запроса получить какую-либо вторичную ценность от программного обеспечения, выпущенного по запросу FOIA.
Программа caBIG поместила все программное обеспечение caBIG в репозиторий программного обеспечения, свободно доступный для загрузки. Открытый исходный код означает, что любой может изменять загруженное программное обеспечение; однако лицензирование, применяемое к загруженному программному обеспечению, обеспечивает большую гибкость, чем обычно. Частному лицу или предприятию разрешено вносить измененный код обратно в программу caBIG, но это не обязательно. Точно так же модификации могут быть доступны как с открытым исходным кодом, но не обязательно, чтобы они были доступны как с открытым исходным кодом. Лицензирование caBIG позволяет даже использовать приложения и компоненты caBIG в сочетании с дополнениями и модификациями в качестве коммерческих продуктов. Эти аспекты программы caBIG фактически способствуют коммерциализации технологии caBIG.
В 2008 году GlaxoSmithKline объявила, что поделится геномными данными раковых клеток с caBIG. Некоторые частные компании заявили о преимуществах технологии caBIG в 2010 году.
Веб-сайт сообщества caGrid был создан в 2007 году. Версия 1.x основного программного обеспечения была добавлена в проект GitHub в середине -2013, по лицензии BSD 3-Clause. Он использовал версию 4.03 Globus Toolkit и систему Taverna workbench для управления рабочим процессом и Business Process Execution Language. Программное обеспечение под названием Introduce было разработано примерно в 2006 году. Среди участников были Центр клинических и трансляционных наук Университета штата Огайо, а также частные компании Ekagra Software Technologies and Semantic Bits.
К 2008 году некоторые задавались вопросом, приносит ли программа пользу крупным фармацевтическим компаниям. К 2011 году на проект было потрачено около 350 миллионов долларов. Хотя цель была признана похвальной, большая часть программного обеспечения была принята неравномерно после того, как разработка была дорогостоящей для конкуренции с коммерческими предложениями. В марте 2011 года оценка рабочей группы NCI пришла к выводу, что caBIG "... расширилась далеко за пределы этих целей и внедрила слишком сложное и амбициозное программное обеспечение инструментов под брендом NCI, особенно в области системы управления клиническими испытаниями (CTMS). произвела ограниченную поддержку в онкологическом сообществе, стала конкурировать с известными коммерческими поставщиками и создать финансово неприемлемые долгосрочные обязательства по обслуживанию и поддержке NCI ». В 2012 NCI объявил о новой программе Национальной программы информатики рака (NCIP) в качестве преемника caBIG.
| Разработчик (и) | Центр NCI для Биомедицинская информатика и информационные технологии (CBIIT), Исследовательский фонд Государственного университета Огайо, Чикагский университет - Аргоннская национальная лаборатория, SemanticBits LLC, Ekagra Software Technologies |
|---|---|
| Операционная система | Кросс-платформенная |
| Тип | Грид-вычисления, Веб-сервис |
| Лицензия | BSD 3-Clause |
| Веб-сайт | cagrid.org |
Компьютерная сеть и программное обеспечение caGrid поддержали инициативу «Грид биомедицинской информатики рака» (caBIG) Национального института рака США Национальных институтов здравоохранения.
caBIG - это добровольная виртуальная информатическая инфраструктура, объединяющая данные, исследовательские инструменты, ученых и организации.
В 2013 году Национальная программа информатики рака (NCIP) повторно выпустила caGrid под лицензией BSD с тремя пунктами и перенесла исходный репозиторий на github.
caGrid использует версию 4.03 Globus Toolkit, созданную Globus Alliance.
Портал caGrid был веб-приложением, построенным на Liferay, который позволяет пользователям обнаруживать и взаимодействовать со службами, доступными в инфраструктуре caGrid. Портал служит основным инструментом визуализации для промежуточного программного обеспечения caGrid . Он также служил БОЛЬШИМ источником информации. Через портал caGrid пользователи имели доступ к информации об участниках caBIG, точках контакта (POC) caGrid, а также к новостям и событиям, связанным с caGrid.
Рабочий процесс caGrid использует:
В марте 2011 года NCI опубликовала обширный обзор CaBIG, программы NCI CBIIT, которая финансировала Разработка программного обеспечения caGrid (см. [1], [2] ), который включал длинный список проблем с программой и рекомендовал прекратить большинство проектов разработки программного обеспечения.
