Войти
| C8orf58 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C8orf58, открытая рамка считывания 58 хромосомы 8 | ||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI: 2145726 HomoloGene : 19540 GeneCards : C8orf58 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
| Виды | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniP 253>Q8NAV2 | |||||||||||||||||||||||||
| Просмотр / редактирование человека | Просмотр / редактирование мыши |
Открытая рамка считывания 58 хромосомы 8 - это не охарактеризованный белок, который у людей кодируется геном C8orf58 . Предполагается, что белок локализован в ядре.
Ген C8orf58 расположен на хромосоме 8 в положении 8p21.3. Он охватывает всего 4550 пар оснований и имеет семь экзонов. C8orf58 фланкирован генами PDLIM2 и CCAR2. Псевдонимов нет. Он определяется как ген, кодирующий белок.
C8orf58 дает три варианта сплайсинга транскриптов. транскрипт варианта 1 представляет собой самый длинный транскрипт и кодирует самый большой белок. Это 2062 пары оснований и семь экзонов. Есть два других варианта сплайсинга, произведенные альтернативными сайтами сплайсинга.
| Изоформа | Экзоны | Длина (пары оснований) | Характеристики |
|---|---|---|---|
| Вариант транскрипции 1 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 | 2062 | Один восходящий внутрикадровый стоп-кодон. |
| Вариант транскрипции 2 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 | 2038 | Альтернативный сайт сплайсинга в рамке в 3 'кодирующей области. |
| Вариант транскрипции 3 | 1, 2, 3, 4, 5, 6 | 1955 | Отсутствует альтернативный экзон, приводит к сдвигу кадра в кодировании 3 ' область. |
C8orf58 имеет относительно короткую 5’-область и умеренную 3’-область. И 5 ’, и 3’ области содержат петли стержня. Существует один предсказанный сайт связывания миРНК, который обнаружен в 3’UTR C8orf58.
Изоформа 1 белка C8orf58 состоит из 365 аминокислот в длину. Изоформа 2 и Изоформа 3 состоят из 357 и 300 аминокислот соответственно. Присутствует консенсусная последовательность kozak, которая подтверждает, что это последовательность, кодирующая белок.
Изоформа 1 C8orf58 имеет молекулярную массу 39,7 кДа и изоэлектрическая точка из 8.29. Он богат пролином и аргинином и беден изолейцином, аспарагином, фенилаланином и тирозином.
Предсказанная вторичная структура белка C8orf58 включает несколько альфа-спиралей и одну бета-цепей.
| Изоформа | Из варианта мРНК | Длина (аминокислоты) | Молекулярная масса (кДа) | Изоэлектрическая точка |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | 365 | 39,7 | 8,30 |
| 2 | 2 | 357 | 38,6 | 8,30 |
| 3 | 3 | 300 | 32,0 | 5,82 |
Он является частью семейства DUF4657, семейства белков, обнаруженных у эукариот. Белки этого семейства обычно имеют длину от 305 до 370 аминокислот. Домен с неизвестной функцией (DUF) C8orf58 расположен между аминокислотами с 73 по 364.
Согласно профилям NCBI GEO, C8orf58 является узко экспрессируемым белок, содержащийся в тканях селезенки, легких, тимуса, предстательной железы и спинного мозга. Он конститутивно экспрессируется в этих тканях.
Биоинформатические инструменты на Expasy были использованы для определения потенциальных сайтов посттрансляционной модификации для белка C8orf58. Существует два предсказанных сайта фосфорилирования и один предсказанный сайт сумоилирования.
Согласно PSORT II, C8orf58 находится в ядре. Это подтверждается наличием сайта сумоилирования, который участвует в ядерном цитоплазматическом транспорте.
Было обнаружено, что два белка взаимодействуют с белком C8orf58, CENPH и metG1, которые были обнаружены с использованием двухгибридного анализа и подхода двух гибридных пулов соответственно. CENPH (Centromere Protein H) играет критическую роль в структуре центромеры, образовании кинетохор и разделении сестринских хроматид. MetG1 (метионин-тРНК-лигаза) необходим для удлинения синтеза белка и инициации всей трансляции мРНК посредством аминоацилирования инициаторной тРНК (fMet).
Важный паралог этого гена - ENSG00000248235. Ортологи человеческого гена C8orf58 ограничены позвоночными из царства животных.
| Научное название | Обычное название | Регистрационный номер NCBI | Длина (аминокислоты) | Дата расхождения (MYA) | Идентичность (%) | Сходство (%) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Человек | NP_001013864.1 | 365 | - | - | - |
| Горилла горилла | Горилла | XP_004046807.1 | 439 | 9.06 | 96 | 79.50 |
| Marmota marmota | Альпийский сурок | XP_015354979.1 | 369 | 90 | 68 | 75.7 |
| Oryctolagus cuniculus | Европейский кролик | XP_008248092.1 | 371 | 90 | 66 | 72 |
| Nannospalax galili | Spalax | XP_008848689.1 | 362 | 90 | 65 | 74.7 |
| Ceratotherium simum simum | Белый носорог | XP_014652157.1 | 381 | 96 | 66 | 72.7 |
| Odobenus rosmarus divergens | Тихоокеанский морж | XP_012418498.1 | 388 | 96 | 65 | 74,7 |
| Sus scrofa | Кабан | XP_005670472.1 | 382 | 96 | 65 | 73,3 |
| Hipposideros armiger | Большая круглая летучая мышь | XP_019487131.1 | 387 | 96 | 62 | 71 |
| Eptesicus fuscus | Большая коричневая летучая мышь | XP_008149784.1 | 377 | 96 | 62 | 70,1 |
| Loxodonta africana | Африканский кустарник | XP_003412428.1 | 372 | 105 | 71 | 77.2 |
| Orycteropus после | Aardvark | XP_007949039.1 | 370 | 105 | 65 | 71,7 |
| Парус майор | Великая синица | XP_015504136.1 | 320 | 312 | 32 | 35,6 |
| Anolis carolinensis | Carolina Anole | XP_008118367.1 | 453 | 312 | 28 | 38,9 |
