Войти
| Открытая рамка считывания хромосомы 8 46 | |
|---|---|
| Идентификаторы | |
| Символы | C8orf46 |
| Виды | Человек |
| HPRD | 14565 |
| Ensembl | ENSG00000169085 |
| UniProt | Q8TAG6 |
| RefSeq (мРНК) | NM_152765.3 |
| RefSeq (белок) | NP_689978.2 |
| Loca tion | 8q13.1 |
Открытая рамка считывания 46 хромосомы 8 (C8orf46 ) представляет собой ген, кодирующий белок, который у человека расположен вдоль передней цепи хромосомы 8. Ген имеет длину примерно 58 522 пары оснований и кодирует 207 аминокислот. Обнаружено, что C8orf46 высоко экспрессируется в областях головного и спинного мозга.
C8orf46 обнаруживается вдоль плюс-цепи хромосомы 8 (8q13.1) с геномной последовательностью, начинающейся с 66 460 003 п.н. и заканчивающиеся на уровне 66 518 524 б.п. Длина всего гена составляет 58 522 п.н. C8orf46 фланкирован алкогольдегидрогеназой железа, содержащей 1 и v-myb гомологоподобный вирусный онкоген миелобластоза птиц.
Окрестности гена C8orf46 вдоль передней цепи хромосомы 8. Человеческие паралоги для C8orf46 не идентифицированы
Филогенетическое дерево избранных ортологов гена C8orf46. Показана предполагаемая дата дивергенции. C8orf46 обнаружен у всех классов позвоночных, включая млекопитающих, птиц, рыб, рептилий и амфибий. Хотя C8orf46 встречается у самых разных млекопитающих, птиц и рептилий, только у одного земноводного (Xenopus tropicalis ) и двух рыб (Callorhinchus milli и Lepisosteus oculatus ) было обнаружено, что они обладают геном C8orf46. Самый отдаленный ортолог C8orf46 находится в Callorhinchus milli, который отклонился от человеческой версии гена примерно 482,9 миллиона лет назад. Ген не был обнаружен ни в каких растениях, грибах или одноклеточных организмах.
N-конец и C-конец являются высококонсервативными областями как в отдаленных, так и в близких ортологах. Все ортологи C8orf46 демонстрируют сохранение семейства доменов белка SH3, а также домена с неизвестной функцией (DUF4648).
C8orf46 не имеет альтернативных вариантов сплайсинга мРНК. Зрелая мРНК имеет длину примерно 3741 пару оснований и содержит шесть экзонов.
Расположение домена с неизвестной функцией и сигнала ядерной локализации вдоль белка C8orf46. Белок, кодируемый C8orf46, состоит из 207 аминокислот, что соответствует молекулярной массе 22,6 кДалл. Изоэлектрическая точка белка составляет 10,42, что указывает на щелочной pH белка. Белок C8orf46 действительно содержит домен с неизвестной функцией (DUF4648) и является частью семейства SH3-доменов, которые, как известно, связываются с лигандами, богатыми пролином. Вторичная и третичная структура этого белка малоизвестна.
Белок, полученный из C8orf46, считается богатым аргинином и бедным фенилаланином по сравнению с составом среднего человеческого белка. C8orf46 действительно содержит несколько областей с положительно заряженными последовательностями и имеет высокую концентрацию основных аминокислот.
Предполагается, что C8orf46 претерпит несколько типов посттрансляционных модификаций. С высокой степенью достоверности прогнозируется, что C8orf46 подвергается гликированию лизина, O-гликозилированию, фосфорилированию серина, треонина и тирозина фосфорилированию, сумолилированию и начальное ацетилирование метионина .
| Тип модификации | Аминокислотное положение | Влияние на белок |
|---|---|---|
| Гликирование эпсилон-аминогруппы лизина | Lys33, Lys41, Lys124, Lys152. Lys153, Lys193 | Нарушает ферментативную функцию белка. |
| Начальное ацетилирование метионина | Met1 | Опосредует стабильность, сортировку и локализацию белка. |
| O-гликозилирование Сайты | Ser25, Ser90, Ser97, Ser102, Ser113, Ser122, Ser126, Ser128 Ser130, Ser148, Ser194, Thr78, Thr101, Thr125, Thr134, Thr155 | Регулирует факторы транскрипции и трансляции. |
| Фосфорилирование Сайты | Ser22, Ser25, Ser26, Ser34, Ser35, Ser97, Ser122, Ser126, Ser130, Ser194, Thr78, Thr83, Thr138, Tyr50, Tyr158, Tyr196 | Регулирует функцию белка, передачу клеточных сигналов и ферментативные функции белка |
| Сумоляция Сайты | Lys141, Lys195 | Играет роль в ядерно-цитозольном транспорте, действует как сайт связывания. |
Концептуальная трансляция C8orf46 отображает предполагаемые сайты посттрансляционной модификации. C8orf46, как предполагается, является ядерным белком, учитывая классический сигнал ядерной локализации, обнаруженный в аминокислотах от Lys191 до Lys193. C8orf46 не содержит каких-либо трансмембранных доменов или сигнальных пептидов, что позволяет предположить, что это внутриклеточный белок.
Изображение из Allen Brain Atlas показывает области повышенной экспрессии C8orf46 в головном мозге. C8orf46 имеет показано, что он повсеместно экспрессируется в организме. Ген экспрессируется в 13 различных типах тканей по всему телу, при этом головной, спинной мозг и нервы демонстрируют повышенную экспрессию гена. В частности, области изокортекса и образования гиппокампа мозга демонстрируют высокие уровни экспрессии. Помимо здоровых тканей, C8orf46 также обнаруживается при нескольких болезненных состояниях. Эти болезненные состояния включают хондросаркому, глиому, опухоли почек, опухоли печени и опухоли половых клеток. C8orf46 экспрессируется только у младенцев и взрослых.
Промоторная область C8orf46, GXP_80707, составляет примерно 1044 п.н. длина. Последовательность промотора начинается с 66 492 708 п.н. и заканчивается на 66 493 751 п.н. Существует несколько важных факторов транскрипции, которые, как предполагается, связываются с промоторной последовательностью C8orf46. Наиболее распространенные факторы транскрипции включают: HMG box-содержащий белок 1, репрессивный глюкокортикоидный рецептор, цАМФ-чувствительный связывающий белок и фактор гомео-домена Pbx-1.
C8orf46 был связан с раком груди у человека. Ген был исследован в связи с энхансером рецептора эстрогена 1 (ESR1), экспрессия которого определяет, получает ли пациентка с раком груди эндокринную терапию. Предполагается, что C8orf46 имеет участки энхансера ESR1, которые становятся гиперметилированными и способствуют приобретенной эндокринной резистентности при раке молочной железы.
| url =(). developmentmouse.brain-map.org. Проверено 9 мая 2016 г.