Войти
Протеомика сверху вниз и снизу вверх Протеомика снизу вверх - распространенный метод для идентификации белков и характеристики их аминокислотных последовательностей и посттрансляционных модификаций путем протеолитического расщепления белков перед анализом с помощью масс-спектрометрии. Основной альтернативный рабочий процесс, используемый в протеомике, называется нисходящей протеомикой, где интактные белки очищаются перед расщеплением и / или фрагментацией либо в масс-спектрометре, либо с помощью 2D-электрофореза. По сути, восходящая протеомика является относительно простым и надежным средством определения белкового состава данного образца клеток, тканей и т. Д.
В восходящей протеомике неочищенный белковый экстракт переваривается ферментативно. с последующим разделением пептидов по одному или нескольким параметрам с помощью жидкостной хроматографии в сочетании с масс-спектрометрией, методом, известным как протеомика дробовика. Путем сравнения масс протеолитических пептидов или их тандемных масс-спектров с массами, предсказанными из базы данных последовательностей или аннотированного пептидного спектра в пептидной спектральной библиотеке, можно идентифицировать пептиды и идентифицировать несколько пептидов. собраны в идентификацию белка.
Для высокопроизводительных восходящих методов существует лучшее разделение на интерфейсах пептидов по сравнению с белками и более высокая чувствительность, чем у (негелевых) нисходящих методов.
Имеется ограниченный охват белковой последовательности идентифицированными пептидами, потеря лабильных PTM и неоднозначность происхождения повторяющихся пептидных последовательностей. В последнее время большое внимание уделяется комбинации восходящей и нисходящей протеомики, так называемой протеомике «средний-вниз», поскольку этот подход не только может быть применен к анализу больших фрагментов белка, но и позволяет избежать избыточных пептидных последовательностей.
.
