Система управления рабочим процессом биоинформатики

A система управления рабочими процессами биоинформатики - это специализированная форма системы управления рабочими процессами, разработанная специально для составления и выполнения ряда этапов вычислений или обработки данных, или рабочий процесс, относящийся к биоинформатике.

. В настоящее время существует множество различных систем рабочего процесса. Некоторые из них были разработаны в более общем виде как системы научных рабочих процессов для использования учеными из многих различных дисциплин, таких как астрономия и наук о Земле. Все такие системы основаны на абстрактном представлении того, как выполняются вычисления, в форме ориентированного графа, где каждый узел представляет задачу, которая должна быть выполнена, а ребра представляют либо поток данных, либо зависимости выполнения между различными задачами. Каждая система обычно предоставляет визуальный интерфейс, позволяющий пользователю создавать и изменять сложные приложения с небольшим опытом программирования или без него.

В алфавитном порядке приведены некоторые примеры систем управления рабочими процессами биоинформатики включают:

• Anduril биоинформатика и анализ изображений
• BioBIKE : веб-программируемая интегрированная база биологических знаний
• CLC bio, платформа для биоинформатического анализа и управления рабочим процессом от QIAGEN Digital Insights.
• Cuneiform : функциональный язык рабочего процесса для крупномасштабного анализа данных
• Discovery Net : один из самых ранних примеров системы научного рабочего процесса, позже коммерциализированный как InforSense, который затем был приобретена IDBS.
• Galaxy : изначально нацелена на геномику
• GenePattern : мощная научная система рабочего процесса, которая обеспечивает доступ к сотням инструментов геномного анализа.
• KNIME the Konstanz Information Miner
• OnlineHPC Конструктор рабочих процессов онлайн на основе Taverna
• UGENE предоставляет систему управления рабочим процессом, которая устанавливается на локальном компьютере
• VisTrails

Благодаря большому количеству систем рабочего процесса биоинформатики на выбор, он становится трудно понять и сравнить особенности различных систем рабочего процесса. Было проведено мало работы по оценке и сравнению систем с точки зрения биоинформатика, особенно когда дело доходит до сравнения типов данных, с которыми они могут иметь дело, встроенных функций, которые предоставляются пользователю, или даже их производительности или удобства использования. Примеры существующих сравнений включают:

• Документ «Научные системы рабочих процессов - может ли один размер подойти всем?», Который обеспечивает высокоуровневую структуру для сравнения систем рабочих процессов на основе их свойств потока управления и потока данных. Сравниваемые системы включают Discovery Net, Taverna, Triana, Kepler, а также Yawl и BPEL.
• The paper "Мета-рабочие процессы: шаблон -основанная совместимость между Galaxy и Taverna », которая обеспечивает более ориентированное на пользователя сравнение между Taverna и Galaxy в контексте обеспечения взаимодействия между обеими системами.

• Документ об инфраструктуре« Delivering » Инфраструктура ИКТ для биомедицинских исследований »сравнивает две системы рабочего процесса, Anduril и Chipster, с точки зрения требований к инфраструктуре в модели облачной доставки.

• В документе« Обзор биоинформатических структур конвейера »делается попытка классифицировать рабочий процесс системы управления, основанные на трех измерениях: «использование неявного или явного синтаксиса, использование конфигурации, соглашения или парадигмы проектирования на основе классов и предложение интерфейса командной строки или рабочей среды».