Биоинформатический комбайн
редактировать
Bioinformatic Harvester представлял собой биоинформатическую мета поисковую машину, созданную Европейской лабораторией молекулярной биологии, а затем размещенную и доработанную KIT Технологическим институтом Карлсруэ для генов и информации, связанной с белками. В настоящее время комбайн работает с человеком, мышью, крысой, рыбками данио, дрозофилой и arabidopsis thaliana основанная на информации. Harvester перекрестно связывает>50 популярных биоинформатических ресурсов и позволяет выполнять перекрестный поиск. Harvester ежедневно обслуживает десятки тысяч страниц для ученых и врачей. С 2014 года сервис не работает.
Содержание
- 1 Как работает комбайн
- 2 Харвестер связывает несколько типов информации
- 2.1 Текстовая информация
- 2.2 Базы данных, богатые графическими элементами
- 2.3 Доступ из внешнего приложения
- 3 Что можно найти
- 4 См. также
- 5 Литература
- 6 Примечания и ссылки
- 7 Внешние ссылки
Как работает Harvester
Harvester собирает информацию из белка и генные базы данных вместе с информацией с так называемых «серверов предсказаний». Сервер прогнозов, например предоставить онлайн-анализ последовательности для одного белка. Индекс поиска Harvesters основан на сборе информации о белках IPI и UniProt. Коллекции состоят из:
- ~ 72000 человек, ~ 57000 мышей, ~ 41000 крыс, ~ 51000 рыбок данио, ~ 35000 страниц белков арабидопсиса, которые перекрестно связывают ~ 50 основных биоинформатических ресурсов.
.
Харвестер перекрестно связывает несколько типов информации
Текстовая информация
Из следующих баз данных:
- UniProt, одна из крупнейших баз данных белков
- , удобный обзор информации о генах
- Простая модульная архитектура Инструмент исследования (SMART)
- SOSUI, прогнозирует трансмембранные домены
- PSORT, прогнозирует локализацию белка
- HomoloGene, сравнивает белки разных видов
- gfp-cdna, локализация белков с помощью флуоресцентной микроскопии
- International Protein Index (IPI)
Базы данных, богатые графическими элементами
Эти базы данных не собираются, а сшиваются, отображаясь через iframe. Iframe - это окно на странице HTML для встроенного просмотра и интерактивного доступа к связанной базе данных. Несколько таких окон iframe объединяются на одной странице белка Harvester. Это позволяет одновременно удобно сравнивать информацию из нескольких баз данных.
- NCBI- BLAST, алгоритм для сравнения биологических последовательностей из NCBI
- Ensembl, автоматическая аннотация генов с помощью EMBL- EBI и Институт Сэнгера
- FlyBase - это база данных модельных организмов Drosophila melanogaster
- GoPubMed - это основанная на знаниях поисковая машина для биомедицинских текстов
- iHOP, информация с гиперссылками на белки через синонимы генов / белков
- Менделевское наследование в человеке проект каталогизирует все известные заболевания
- RZPD, Немецкий ресурсный центр исследований генома в Берлине / Гейдельберге
- STRING, Инструмент поиска для Поиск взаимодействующих генов / белков, разработанный EMBL, SIB и UZH
- Информационная сеть по рыбкам данио
- LOCATE база данных субклеточной локализации (мышь)
Доступ из внешнего приложения
- Браузер генома, рабочие проекты сборок для геномов UCSC
- Google Scholar
- Mitocheck
- , метапоисковая система для Google, Yahoo, MSN, Ask, Exalead, AllTheWeb, Концерт aBlast
Что можно найти
Harvester позволяет комбинировать различные поисковые запросы и отдельные слова.
Примеры поиска:
- Имя гена: "golga3"
- Псевдоним гена: "ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS" (достаточно одного имени гена)
- Генные онтологии: «Путь передачи сигнала ферментативного рецепторного белка»
- Unigene -Кластер: «Hs.449360»
- Go-аннотация: «Внутри-Гольджи-транспорт»
- Молекулярный функция: «связывание протеинкиназы»
- Белок: «Q9NPD3»
- Белковый домен: «SH2 sar»
- Локализация белка: «эндоплазматический ретикулум»
- Хромосома: «2q31»
- Релевантно для заболевания: используйте слово «болезнь-ссылка»
- Комбинации: «Гольджи-болезнь-ссылка» (находит все белки Гольджи, связанные с заболеванием)
- мРНК : «AL136897»
- Слово: «Рак»
- Комментарий: «глубоко выражено в сердце»
- Автор: «Меркель, Шмидт»
- Публикация или проект : «проект по секвенированию кДНК »
См. Также
Литература
- Либель У, Киндлер Б., Пепперкок Р. (август 2004 г.). «'Harvester': быстрая метапоисковая машина ресурсов человеческого белка». Биоинформатика. 20 (12): 1962–3. doi : 10.1093 / bioinformatics / bth146. PMID 14988114.
- Либель У., Киндлер Б., Пепперкок Р. (2005). "Биоинформатический" комбайн ": поисковая машина для полногеномных ресурсов белка человека, мыши и крысы". Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 404 : 19–26. DOI : 10.1016 / S0076-6879 (05) 04003-6. ISBN 9780121828097. PMID 16413254.
Примечания и ссылки
Внешние ссылки
