Войти
 | |
|---|---|
| Содержимое | |
| Описание | онтология всех организмов для источников фермента. |
| Контакт | |
| Основная ссылка | PMID 21030441 |
| Дата выпуска | 2003 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.brenda-enzymes.org/ontology. php? ontology_id = 3 |
Раздел BTO (BRENDA T issue O ntology ) представляет собой всеобъемлющую структурированную энциклопедию . В нем представлены термины, классификации и определения тканей, органов, анатомических структур, частей растений, культур клеток, типов клеток и клеточные линии организмов из всех таксономических групп (животные, растения, грибы, простейшие ) в качестве источников ферментов. Информация связана с функциональными данными в BRENDA («BRaunschweig ENzyme DAtabase») фермент информационная система.
BTO является одним из первых тканеспецифичных онтологии в науках о жизни, не ограниченные конкретным организмом или конкретной группой организмов, обеспечивающие удобный доступ к широкому спектру информации о тканях и типах клеток. Базы данных, такие как онтология Служба поиска или ses, например MIRIAM Registry или EBI-EMBL, TissueDistributionDB, включая Библиотеку синонимов тканей Немецкого центра исследования рака (DKFZ) в Гейдельберге или на платформе биопортала Национального центра биомедицинской онтологии в Стэнфорде, США, полагаются на BTO и внедряют энциклопедию в качестве важного хранилища информации в соответствующие платформы.
BTO позволяет пользователи из медицинских исследований и фармацевтических наук для поиска возникновения и гистологического обнаружения заболевания Связанные с se ферменты в тканях, которые играют важную роль в диагностике, лечении и разработке лекарств. В биохимии и биотехнологии специфические для организма термины, связанные с функциональными данными ферментов, являются важным ресурсом для понимания метаболизма и регуляции в науках о жизни. Онтологии представляют собой системы классификации, которые предоставляют контролируемые и структурированные словари. Это важные инструменты для иллюстрации и увязки эволюционных корреляций.
Разработка BTO началась в 2003 году с целью связать данные о биохимических и молекулярно-биологических ферментах BRENDA с иерархической и стандартизированной коллекцией терминов, связанных с тканями. Данные и информация о функциональных ферментах в BRENDA были вручную аннотированы и структурированы экспертами в области биохимии, биологии и химии. К октябрю 2019 года BTO содержало более 6042 термина, связанных с 5173 синонимами и 5074 определениями. Термины классифицируются по общим категориям, правилам и форматам Консорциума генных онтологий (GO,), организованным как направленный ациклический граф (DAG), созданный с использованием OBO с открытым исходным кодом. -Редактировать. Все термины с каждого уровня напрямую связаны с данными по ферментам в BRENDA. BTO - подходящий инструмент для различения различных ферментов, которые экспрессируются тканеспецифическим образом.
BTO опирается на подробные данные BRENDA по конкретным ферментам информационная система ферментов. В настоящее время (октябрь 2019 г.) в BRENDA хранится 112 200 данных, специфичных для ферментов, организмов, тканей из более чем 11 000 белков. Эти записи были вручную аннотированы из более чем 150 000 различных литературных источников. Все термины в BTO оцениваются и классифицируются в соответствии с форматом OBO и связаны определенными отношениями. Каждый термин представляет собой отдельную запись в онтологии и автоматически присваивается уникальному идентификатору BTO (BTO-ID). BTO-ID служат в качестве стабильных регистрационных номеров для создания перекрестных ссылок на дополнительные внешние биохимические базы данных. Дополнительные термины, относящиеся к тканям и типам клеток, из внешних баз данных (например, UniProt ) интегрированы в BTO.
Термины разделены на 4 основные категории (подграфы):
определены ниже основных категорий (= узлы), классифицируя «родитель», «потомок» и «внук», все связанные через определенные отношения (= края)
Большинство терминов явно связаны с конкретными организмами, органами, тканями или типами клеток. Однако существует несколько идентичных обозначений тканей как у растений, так и у животных, например «Эпидермис». Чтобы различать эти тканевые термины и правильно классифицировать их в BTO для растительных тканей, перед термином ставится префикс «растение», например «Эпидермис растений».
Более 80% терминов, относящихся к тканям, имеют определения, которые описывают значение и контекст. Эти определения взяты, например, из медицинских словарей и баз данных клеточных линий (Webster’s Dictionary, DSMZ ).
Записи в BTO обновляются два раза в год в рамках основного обновления BRENDA. Он доступен на сайте BRENDA в категории «Ontology Explorer ». Термины источника фермента можно найти через форму запроса BTO. В результате пользователь получает список номеров EC, которые напрямую связаны с информацией о ферментах BRENDA. Также возможен поиск через форму поиска BRENDA «Исходная ткань» («Классический вид»). На странице результатов отображаются все ферменты, выделенные или обнаруженные в искомом термине ткани, напрямую связанные с BTO.
BTO и BRENDA свободно доступны для академических пользователей. Его можно бесплатно загрузить через «Ontology Explorer » на веб-сайте BRENDA или в формате OBO с «Obofoundry ».
