BGI Group

редактировать
BGI
Тип Открытая компания
ПромышленностьСеквенирование генома. Биотехнология
Основана9 сентября 1999 г. (Пекин)
ОсновательВан Цзянь. Ю Цзюнь. Ян Хуаньмин. Лю Сыци
Штаб-квартираШэньчжэнь, Гуандун, Китай
Количество населенных пунктов
Обслуживаемая территорияПо всему миру
Ключевые людиВан Цзянь (президент, председатель)
ПродуктыПлатформа DNBseq ™ (платформа для секвенирования нового поколения), Тест NIFTY® (неинвазивный пренатальный тест)
БрендыDNBseq ™, NIFTY®
ВыручкаУвеличить 251 миллион долларов (2016)
Чистая прибыль Увеличить 51,7 миллиона долларов (2016)
ВладелецВан Цзянь
Количество сотрудников~ 6000 (по всему миру)
Подразделения BGI China (материк). BGI Asia Pacific. BGI Americas. BGI Europe (Европа и Африка)
Дочерние компании Список дочерних компаний:
Веб-сайтwww. bgi.com/global/. www.genomics.cn

BGI, в настоящее время известная как BGI Group, ранее известная как Пекинский институт геномики, является китайская компания по секвенированию генома со штаб-квартирой в Шэньчжэнь, Гуандун, Китай.

Она была создана в 1999 году для участия в Human Genome Project как центр генетических исследований. Он также секвенирует геномы других животных, растений и микроорганизмов.

BGI Group объявила на конференции AGBT в феврале 2020 года, что сделает секвенирование генома дешевле, впервые преодолев 100-долларовый барьер. Компания из Шэньчжэня заявляет, что низкая стоимость станет возможной благодаря «экстремальной» системе секвенирования ДНК, которую она планирует предложить, которая способна расшифровывать геномы 100 000 человек в год.

Компания превратилась из научно-исследовательского института, который расшифровывал ДНК панд и растений риса, в компанию, занимающуюся клонированием животных, тестированием здоровья и исследованиями по контрактам.

Содержание

  • 1 История
  • 2 Ключевые достижения
  • 3 Текущие исследовательские проекты
    • 3.1 Генетика человека
      • 3.1.1 Проект генома человека
      • 3.1.2 Международный проект HapMap
      • 3.1.3 Проект Янь Хуан
      • 3.1.4 Проект «1000 геномов»
      • 3.1.5 Международный проект «Геном рака»
      • 3.1.6 Проект «1000 редких заболеваний»
      • 3.1.7 Разведывательный проект
    • 3.2 Животные и растения
      • 3.2.1 Проект генома 1000 растений
      • 3.2.2 Проект генома трех экстремальных сред животных
      • 3.2.3 Международный проект генома больших кошек
      • 3.2.4 Проект генома симбионта
      • 3.2.5 Биогеном Земли Проект
    • 3.3 Микроорганизмы
      • 3.3.1 Проект «Десять тысяч микробных геномов»
  • 4 Технология биоинформатики
  • 5 Критика и противоречия
    • 5.1 Утверждения о неисправности набора для тестирования COVID-19
  • 6 См. Также
  • 7 Ссылки
  • 8 Внешние ссылки

История

Ван Цзянь, Ю Цзюнь Ян Хуаньмин и Лю Сици создали BGI в сентябре 1999 года в Пекине, Китай, в качестве неправительственной организации. независимый исследовательский институт т.е. для участия в Проекте генома человека в качестве представителя Китая. После завершения проекта финансирование прекратилось, после чего BGI переехала в Ханчжоу в обмен на финансирование от муниципального правительства Ханчжоу. В 2002 году BGI секвенировала геном риса, о чем писали на обложке журнала Science. В 2003 году BGI расшифровала геном вируса SARS и создала набор для обнаружения вируса. В 2003 году BGI Ханчжоу и Университет Чжэцзян основали новый исследовательский институт Институт геномных наук им. Джеймса Д. Уотсона при Чжэцзянском университете. Институт Уотсона должен был стать крупным центром исследований и образования в Восточной Азии по образцу лаборатории Колд-Спринг-Харбор в США.

В 2007 году штаб-квартира BGI переехала в Шэньчжэнь как «первое управляемое гражданами некоммерческое исследовательское учреждение в Китае». Ю Цзюнь покинул BGI в это время, якобы продав свою долю другим трем учредителям за символическую сумму. В 2008 году правительство Шэньчжэня официально признало BGI-Shenzhen некоммерческой организацией. В 2008 году BGI опубликовала первый геном человека из Азии.

В 2010 году BGI Shenzhen был сертифицирован как отвечающий требованиям стандарта ISO9001: 2008 для разработки и предоставления услуг высокопроизводительного секвенирования. В том же году BGI приобрела 128 машин для секвенирования генов Illumina HiSeq 2000, на которые в течение следующих 10 лет было выделено 1,5 миллиарда долларов США в виде «фондов сотрудничества» от China Development Bank. По сообщениям, к концу года их бюджет составлял 30 миллионов долларов. В 2010 году была основана компания BGI Americas с главным офисом в Кембридже, Массачусетс, США, а BGI Europe была основана в Копенгагене, Дания. К 2018 году они были расширены за счет офисов и лабораторий в Сиэтле и Сан-Хосе в США и Лондоне в Великобритании, а также были основаны BGI Asia Pacific с офисы в Гонконге, Кобе (Япония), Бангкоке (Таиланд), Лаосе, Сингапуре, Брисбен (Австралия) и многие другие.

В 2011 году компания BGI сообщила, что в ней работает 4000 ученых и технических специалистов, а ее доход составляет 192 миллиона долларов. BGI провела секвенирование генома смертоносной 2011 г., Германия E. coli O104: вспышка H4 за три дня и выпустила его по открытой лицензии. С 2012 года он начал коммерциализацию своих услуг, имея инвестиции от China Life Insurance Company, Citic's Goldstone Investment, Yunfeng Capital Джека Ма и SoftBank China Capital. В том же году они запустили собственный научный журнал GigaScience в партнерстве с BioMed Central для публикации статей по науке о жизни с большим объемом данных. В 2013 году BGI сообщила, что поддерживает отношения с 17 из 20 ведущих мировых фармацевтических компаний, и сообщила, что предоставляет глобальным фармацевтическим компаниям услуги в области коммерческой науки, здравоохранения, сельского хозяйства и информатики. В том же году она купила Complete Genomics у Mountain View, California, крупного поставщика технологии секвенирования ДНК, за 118 миллионов долларов США. В том же году BGI был оценен примерно в 820 миллионов долларов.

В 2015 году они подписали договор о сотрудничестве с больницей Чжуншань Центром точной клинической медицины в Шанхае, открытым в мае 2015 года. с бюджетом 100 миллионов йен. Сообщается, что они участвуют в качестве института секвенирования в китайском исследовательском проекте медицинского обслуживания стоимостью 9,2 миллиарда долларов, который продлится 15 лет. В мае 2017 года было объявлено о создании инновационного центра Западного побережья, совмещенного в Сиэтле и Сан-Хосе, на первом месте, где планируется работать над точной медициной и налажено сотрудничество с Вашингтонским университетом, Институт исследований мозга Аллена, Фонд Билла и Мелинды Гейтс и Вашингтонский государственный университет, а во второй уже существующей лаборатории со 100 сотрудниками для разработки следующей -генерационное секвенирование технологий. В мае 2018 года было достигнуто соглашение с больницей Mount Sinai (Торонто), Канада, о первой установке платформ BGISEQ в Северной Америке.

BGI Genomics, дочерняя компания BGI Group, сделала первичное публичное размещение акций в июле 2017 года на Шэньчжэньской фондовой бирже, собрав 547 миллионов йен (80,7 миллиона долларов), при этом оценка компании в первый день составила более 1,15 миллиарда долларов. Согласно сообщениям, в 2018 году 85,3% BGI принадлежало Ван Цзяню, а группе принадлежало 42,4% ее основного подразделения BGI Genomics. Заявленная рыночная стоимость BGI Genomics в июле 2018 года составила около 5 миллиардов долларов, как и другая дочерняя компания, MGI Tech, специализирующаяся на разработке и производстве технологий, IPO которой около 20% акций за 1 миллиард долларов запланировано на 2019 год в Гонконге.. В 2019 году конкурент Illumina, Inc. подал несколько исков о нарушении патентных прав против BGI.

В 2019 году сообщалось, что дочерняя компания BGI, Forensic Genomics International, предъявила создали базу данных генетических профилей людей по всей стране с поддержкой WeChat. В июле 2020 года сообщалось, что BGI вернула ссуду Paycheck Protection Program после проверки СМИ. В том же месяце Бюро промышленности и безопасности включило две дочерние компании BGI в свой «Список организаций» за помощь в предполагаемых нарушениях прав человека в связи с его работой по генетическому анализу в Синьцзяне.

Ключевые достижения

  • Сначала de novo секвенировал и собрал геномы млекопитающих и человека с коротким секвенированием (так называемое «секвенирование следующего поколения»)
  • Секвенировал геном первого древнего человека
  • Секвенировал первый диплоидный геном азиатского индивида в рамках проекта Ян Хуан
  • Инициировал построение карты последовательностей пангенома человека, который, по оценкам, содержит 19-40 миллионов оснований, которых нет в человеческом эталонный геном
  • Первый проект BGI внес 1% эталонного генома Human Genome Project и был единственным институтом в развивающемся мире, внесшим вклад
  • 10% информации о последовательности для Международного проекта HapMap
  • Проведено исследование, подтверждающее принцип действия, для секвенирования микробиологических пищеварительной системы человека, примерно в 150 раз больше, чем человеческий геном
  • Ключевой центр секвенирования в проекте 1000 геномов
  • Первое китайское учреждение, секвенировавшее тяжелый острый респираторный синдром (SARS), всего через несколько часов после первого секвенирования вируса канадцами
  • Ключевой участник публикации данных из открытых источников и анализа вспышки E. coli O104: H4 2011 г.
  • Секвенировали 40 одомашненных и диких тутовых шелкопрядов, идентифицировав 354 гена, вероятно, важных для приручения.
  • Секвенировали первый геном гигантской панды, равный по размеру геному человека, менее чем за 8 месяцев. Секвенирование показало, что гигантская панда, Ailuropoda melanoleuca, имеет мутацию сдвига рамки считывания в гене, участвующем в распознавании острых вкусов, T1R1. Мутация может быть генетической причиной, по которой панда предпочитает бамбук мясу. Однако у панды также отсутствуют гены, необходимые для переваривания бамбука, поэтому ее микробиом может играть ключевую роль в метаболизме основного источника пищи.
  • Ключевой участник китайско-британского проекта генома курицы
  • По состоянию на 2010 г. секвенированные геномы растений включают рис, огурец, сою и сорго. Секвенированные геномы животных включают шелкопряда, медоносную пчелу, водяную блоху, ящерицу и гигантскую панду. Было также секвенировано еще 40 видов животных и растений и более 1000 бактерий.
  • Nature в 2010 году поставила BGI Shenzhen на 4-е место среди 10 лучших учебных заведений Китая, а все остальные - университеты и китайцы. Академия наук. Рейтинг составлен на основе статей в научно-исследовательских журналах Nature. К 2016 году он возглавил список корпоративных организаций в Китае, а также был 13-м корпоративным учреждением в мире. В 2017 году, среди самых продуктивных корпоративно-академических совместных проектов в период с 2012 по 2016 год, партнерство BGI и Копенгагенского университета было занято четвертым.
  • В период с 2001 по 2013 год BGI присутствовал примерно в 250 статей, опубликованных в первоклассных академических журналах.
  • В 2014 г. сообщалось, что BGI производит 500 клонированных свиней в год для тестирования новых лекарств, что составляет примерно 25% мировых геномных данных.
  • В январе 2018 года генеральный директор BGI Genomics Инь Е заявил, что они секвенировали более 10 000 образцов WGS, при этом еще 20 000 секвенировали их платформой BGISEQ-500, около 70% животных и растений до настоящего времени были секвенированы компанией и их партнерами. также работал над «более чем 10 миллионами клинических образцов, включая 2,8 миллиона неинвазивных пренатальных тестов, 2,6 миллиона тестов на вирус папилломы человека, 1,53 миллиона тестов на нарушение слуха, чуть более полумиллиона скрининговых тестов для новорожденных и около 25 тысяч тестов на редкие заболевания».

Текущие исследовательские проекты

Генетика человека

Проект генома человека

Международный проект, начатый в 1990 году и объявленный завершенным в 2003 году. Они присоединились к ним в 1999 году и обеспечили 1% рабочей нагрузки.

Международный Проект HapMap

Международный проект, запущенный в 2002 году и объявленный завершенным в 2009 году. Они обеспечили 10% рабочей нагрузки.

Проект Ян Хуан

Начался в 2007 году и назван в честь двух Считается, что императоры основали доминирующую этническую группу Китая, BGI планировали в этом проекте, чтобы секвенировать по крайней мере 100 китайцев, чтобы создать карту китайских генетических полиморфизмов с высоким разрешением. Первые данные о геноме были опубликованы в октябре 2007 года. Анонимный китайский миллиардер пожертвовал проекту 10 миллионов юаней (около 1,4 миллиона долларов США), и его геном был секвенирован в начале проекта.

Проект 1000 геномов

Международный проект, запущенный в 2008 году и объявленный завершенным в 2015 году.

Международный проект по геному рака

Международный проект, запущенный в 2008 году.

Проект 1000 редких заболеваний

Международный проект, инициированный совместно с Детской больницей Филадельфии в 2011 году. С его помощью были обнаружены гены и мутации, связанные с редкими заболеваниями, о которых сообщалось в более чем 20 научных публикациях. Они также «участвовали в разработке клинического диагностического теста всего экзома, предлагаемого с 2012 года при патологии CHOP». Они снова начали сотрудничать в 2017 году, когда к Консорциуму детских опухолевых тканей головного мозга CHOP присоединился Китайский национальный генетический банк.

разведывательный проект BGI

. Китайский проект был сосредоточен на исследовании генетической основы интеллекта запущен в августе 2012 года. Американский физик Стивен Хсу присоединился в качестве научного консультанта и был одним из руководителей проекта. Это было сделано на 2200 выборках, в основном из Соединенных Штатов, из которых 1600 были индивидуумами, которые участвовали в исследовании математически недоразвитой молодежи и, как сообщается, имели IQ более 160, собранные американцами. психолог и генетик Роберт Пломин.

Животные и растения

Проект «Геном 1000 растений»

Международный проект, запущенный в 2008 году и объявленный завершенным в 2015 году. В 2010 году BGI объявил о своем завершении внести 100 миллионов долларов США в крупномасштабные проекты по секвенированию растений и животных.

Проект «Три экстремальных экологических генома животных»

В 2009 году BGI-Shenzhen объявил о запуске трех геномных проектов, направленных на животных живущие в экстремальных условиях. Три выбранных генома принадлежат двум полярным животным: полярному медведю и императорскому пингвину и одному альтиплано животному: Тибетская антилопа.

Международный проект по геному больших кошек

В 2010 г., BGI, Пекинский университет, Хэйлунцзян Маньчжурский тигровый лесной зоопарк, Институт зоологии Куньмина, Зоопарк Сан-Диего Калифорнийский институт природоохранных исследований и другие организации объявили, что будут высекать амурского тигра, южно-китайского тигра, бенгальского тигра, азиатский лев, африканский лев, дымчатый леопард, снежный барс и другие представители семейства кошачьих. BGI также будет секвенировать геномы и эпигеномы лигера и тигона. Поскольку два реципрокных гибрида имеют разные фенотипы, несмотря на то, что они генетически идентичны, ожидалось, что эпигеном может выявить основу таких различий. Цель проекта заключалась в том, чтобы значительно продвинуть исследования по охране природы, и он был благоприятно объявлен китайским годом Тигра. В 2013 году были опубликованы результаты по геномам тигра анур, белого бенгальского тигра, африканского льва, белого африканского льва и снежного барса.

Проект генома симбионта

Совместно финансируемый проект, объявленный 19 марта 2010 года, BGI объявил, что будет сотрудничать с Сидни К. Пирсом из Университета Южной Флориды и Чарльзом Делвишем из Университета Мэриленда в Колледж-Парке для секвенирования геномов морского слизня. Elysia chlorotica и пища для него водорослей Vaucheria litorea. Морской слизень использует гены водорослей для синтеза хлорофилла, первого обнаруженного межвидового переноса генов. Секвенирование их геномов может выяснить механизм этого переноса. Эта работа была в конечном итоге завершена, и была представлена ​​сборка генома общей длиной 557 МБ.

Earth BioGenome Project

Международный проект, инициированный Смитсоновским институтом и другими партнерами в 2018, чтобы секвенировать ДНК 1,5 миллиона известных видов эукариот на планете.

Микроорганизмы

Проект «Десять тысяч микробных геномов»

Проект был начат 1 августа 2009 г. миссия по секвенированию 10 000 микробов в течение 3 лет. Он включает секвенирование промышленных, сельскохозяйственных, медицинских микроорганизмов и многие другие. Это делается в сотрудничестве со многими институтами, университетами и предприятиями, включая Исследовательский институт биотехнологии Китайской академии сельскохозяйственных наук и Тяньцзиньский институт промышленной биотехнологии Китайской академии наук.

биоинформатические технологии

В 2010 году институтский суперкомпьютер с 500 узлами обрабатывал 10 терабайт необработанных данных секвенирования каждые 24 часа с имеющихся 30 или около того анализаторов генома от Illumina. Годовой бюджет компьютерного центра составлял 9 миллионов долларов США. В том же году вычислительные биологи BGI разработали первый успешный алгоритм, основанный на теории графов, для выравнивания миллиардов строк из 25-75 пар оснований, созданных секвенсорами следующего поколения, в частности Illumina Анализатор генома во время секвенирования de novo. Алгоритм, названный SOAPdenovo, может собрать геном за два дня и был использован для сборки массива геномов растений и животных.

SOAPdenovo является частью «Short Oligonucleotide Analysis Package » (SOAP), набор инструментов, разработанный BGI для de novo сборки геномов человеческого размера, выравнивания, обнаружения SNP, повторного секвенирования, поиска инделений и анализа структурных вариаций. SOAPdenovo, созданный для коротких считываний секвенсоров Illumina, использовался для сборки нескольких геномов человека (идентификация вставки длиной восемь килобаз, не обнаруженной путем сопоставления с эталонным геномом человека) и животных, таких как гигантская панда.

Вплоть до В 2015 году BGI выпустила BGISEQ-100 на основе устройства Ion Torrent от Thermo Fisher Scientific и BGISEQ-1000 на основе аналогичной технологии от Complete Genomics, оба из которых получили одобрение CFDA на пренатальный тест NIFTY (неинвазивный тест на трисомию плода). В октябре 2015 года BGI запустила BGISEQ-500, большую настольную систему секвенирования, которая через год получила одобренную регистрацию в качестве медицинского устройства CFDA. Сообщается, что он получил более 500 заказов на систему и провел более 112 000 тестов до конца 2016 года. Китайский национальный генетический банк, открытый BGI и правительством Китая в сентябре 2016 года, насчитывает 150 инструментов системы. BGISEQ-500 был разработан как платформа для секвенирования, способная конкурировать с платформами Illumina своим качеством и низкой ценой. В ноябре 2016 года BGI выпустила BGISEQ-50, миниатюрную версию настольного секвенсора. В 2017 году BGI начала предлагать WGS по цене 600 долларов. В октябре 2017 года MGI Tech, дочерняя компания BGI, выпустила два новых секвенсора MGISEQ-2000 и MGISEQ-200 (позже переименованных в DNBSEQ-G400 и DNBSEQ-G50), а годом позже - DNBSEQ-T7.

Критика и споры

Утверждения о неисправности комплекта для тестирования COVID-19

25 августа 2020 года Reuters сообщило, что около 3700 человек в Швеции ошибочно сообщили, что у них есть коронавируса из-за неисправности набора для тестирования COVID-19 от BGI Genomics.

См. также

Ссылки

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-05-11 03:24:13
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте