Aquificae

Тип Aquificae - это разнообразная коллекция бактерий, обитающих в суровых условиях окружающей среды. Название «Aquificae» было дано этому типу на основе раннего рода, идентифицированного в этой группе, Aquifex («производитель воды»), который способен производить воду путем окисления водорода. Их находили в источниках, бассейнах и океанах. Они автотрофы и являются основными фиксаторами углерода в своей среде. Эти бактерии представляют собой грамотрицательные, неспорообразующие палочки. Это настоящие бактерии (домен Бактерии ), в отличие от других обитателей экстремальных сред, Архей.

Содержание

• 1 Таксономия
• 2 Молекулярные сигнатуры и филогенетическое положение
• 3 Филогения
• 4 Таксономия
• 5 Ссылки

Таксономия

Aquificae в настоящее время включает 15 родов и 42 официально опубликованных вида. Тип состоит из одного класса и двух отрядов. Aquificales состоит из семейств Aquificaceae и Hydrogenothermaceae, в то время как Desulfurobacteriaceae являются единственным семейством внутри Desulfobacteriales. Thermosulfidibacter takaii не относится к семейству внутри филума на основании его филогенетического отличия от обоих отрядов. В настоящее время он классифицируется как член Aquificales, но имеет большее физиологическое сходство с Desulfobacteriaceae.

Молекулярные сигнатуры и филогенетическое положение

Сравнительные геномные исследования выявили несколько консервативных инделей сигнатур (CSI), которые специфичны для всех видов, принадлежащих к типу Aquificae, и обеспечивают потенциальную молекулярную маркеры. Отряд Aquificales можно отличить от Desulfobacteriales по нескольким CSI для разных белков, специфичных для каждой группы. Дополнительные CSI были обнаружены на уровне семейства, и их можно использовать для отделения Aquificae и Hydrogenothermaceae от всех других бактерий. Параллельно с наблюдаемым распределением CSI отряды в пределах Aquificae также физиологически отличаются друг от друга. Представители Desulfurobacteriales являются строгими анаэробами, которые окисляют исключительно водород для получения энергии, тогда как принадлежащие к Aquificales, являются микроаэрофильными и способны дополнительно окислять другие соединения (такие как сера или тиосульфат). к водороду.

Было также идентифицировано несколько CSI, которые специфичны для видов из Aquificae и обеспечивают потенциальные молекулярные маркеры для этого типа. Кроме того, вставка из 51 аминокислоты была идентифицирована в препротеин-транслоказе SecA, которая является общей для различных представителей Aquificae, а также двух видов Thermotoga. В деревьях генов 16S рРНК виды Aquificae ветвятся в непосредственной близости от филума Thermotogae (другой тип, включающий гипертермофильные организмы), близко к точке ветвления архей и бактерий. Однако близкое родство Aquificae с Thermotogae и глубокое ветвление Aquificae не подтверждается некоторыми филогенетическими исследованиями, основанными на других последовательностях генов / белков, а также CSI в нескольких высококонсервативных универсальных белках. Таким образом, наличие вставки у видов Thermotoga может быть связано с горизонтальным переносом гена. Глубокое ветвление видов Aquificae в дереве генов рРНК было приписано артефакту, возникающему в результате очень высокого содержания G + C в их оперонах 16S-23S-5S. В отличие от очень высокого содержания G + C в их рРНК (т.е. более 62%), которое требуется для стабильности их вторичных структур при высоких температурах роста, вывод о том, что Aquificae не образуют линию с глубокими ветвями, также является независимо сильно поддерживаются CSI в ряде важных белков (а именно, Hsp70, Hsp60, RpoB, RpoB и AlaRS), которые поддерживают его размещение в непосредственной близости от типа Proteobacteria, в частности, Epsilonproteobacteria. Специфическое родство Aquificae с Proteobacteria подтверждается двухминокислотным CSI в белке неорганической пирофосфатазы, который уникально обнаружен у видов этих двух типов. Cavalier-Smith также предположил, что Aquificae тесно связаны с Proteobacteria. В отличие от процитированных выше анализов, основанных на нескольких инделах или на отдельных генах, анализы информационных генов, которые, как оказалось, реже переносились в линию Aquifex, чем неинформационные гены, чаще всего относились к Aquificales. близко к Thermotogales. Эти авторы объясняют часто наблюдаемое группирование Aquificae с эпсилонпротеобактериями результатом частого горизонтального переноса генов из-за общих экологических ниш.

Наряду с Thermotogae, Aquificae являются термофильными eubacteria.

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке прокариотических имена со статусом в номенклатуре (LPSN) и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), а филогения основана на версии 123 LTP на основе 16S рРНК, разработанной The All-Species Living Tree Project

Desulfurobacteriaceae Desulfurobacterium thermolithotrophum Desulfurobacterium atlanticum Balnearium lithotrophicum Aquificales Hydrogenothermaceae Persephonella marina Persephonella Hydrogenis512aymaseaeis512aymasensivantispussephonella guidorium Х. thermophilus Thermocrinis minervae Thermocrinis ruber Thermocrinis albus Aquifex pyrophilus Примечание:. ♠ Штамм обнаружен в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не включены в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) Таксономия Род Nunoura et al. 2008 Виды Nunoura et al. 2008 Заказ Gupta Lali 2014 Семейство Desulfurobacteriaceae L'Haridon et al. 2006 Род Balnearium Takai et al. 2003 Виды Balnearium lithotrophicum Takai et al. 2003 Род Desulfurobacterium L'Haridon et al. 1998 исправление. L'Haridon et al. 2006 Виды "" ♠ Alain et al. 2003 Виды D. atlanticum L'Haridon et al. 2006 Виды L'Haridon et al. 2006 Виды Д. thermolithotrophum L'Haridon et al. 1998 (тип sp.) Род Phorcysia Pérez-Rodríguez et al. 2012 Виды Pérez-Rodríguez et al. 2012 Род Huber et al. 2002 Виды Vetriani et al. 2004 Виды L'Haridon et al. 2006 Виды Huber et al. 2002 (тип sp.) Приказ Aquificales Reysenbach 2002 с поправками. Gupta Lali 2014 Семейство Aquificaceae Reysenbach 2002 Род Aquifex Huber and Stetter 1992 Виды A. pyrophilus Huber and Stetter 1992 (тип sp.) Виды «A. aeolicus » ♠ Huber and Stetter 2001 Род Накагава и др. 2004 Виды Nakagawa et al. 2004 (тип sp.) Виды Nunoura et al. 2008 Род Hydrogenobacter Kawasumi et al. 1984 Виды (Крюков и др. 1984) Stöhr et al. 2001 Виды Takai et al. 2001 Виды H. thermophilus Kawasumi et al. 1984 (тип sp.) Род Stöhr et al. 2001 Виды (Shima and Suzuki 1993) Stöhr et al. 2001 Род Huber et al. 1999 Виды T. albus Eder and Huber 2002 Виды Dodsworth et al. 2015 Виды T. minervae Huber et al. 1999 Виды T. ruber Huber et al. 1999 (тип sp.) Семейство Hydrogenothermaceae Eder and Huber 2003 Род Stöhr et al. 2001 Виды Stöhr et al. 2001 Род Götz et al. 2002 Виды Nakagawa et al. 2003 Виды P. марина Götz et al. 2002 (тип sp.) Виды P. guaymasensis Götz et al. 2002 Род Takai et al. 2003 исправление. О'Нил и др. 2008 Виды Aguiar et al. 2004 исправление. Накагава и др. 2005 Виды Flores et al. 2008 Виды O'Neill et al. 2008 Виды Takai et al. 2003 исправление. Накагава и др. 2005 (тип sp.) Виды Nakagawa et al. 2005 Род Venenivibrio Hetzer et al. 2008 Виды Venenivibrio stagnispumantis Hetzer et al. 2008 Ссылки Последняя правка сделана 2021-06-11 23:00:19 Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное). Обратная связь: support@alphapedia.ru Соглашение О проекте