Рабочий процесс Anduril в Eclipse | |
Разработчик (и) | Лаборатория системной биологии Университет Хельсинки |
---|---|
Первый выпуск | 1 июля 2010 г.; 10 лет назад (01.07.2010) |
Стабильный выпуск | 1.2.23 / 24 июня 2014 г. (2014-06-24) |
Предварительный выпуск | 2.0.0 / 14 декабря 2015 г. ( 2015-12-14) |
Репозиторий | |
Написано на | Java |
Операционная система | Linux, Microsoft Windows, Mac OS X |
Тип | Механизм рабочего процесса |
Лицензия | GPL (v.1.x), BSD (v.2.x) |
Веб-сайт | www.anduril.org |
Anduril - это основанная на компонентах рабочая среда с открытым исходным кодом для анализа научных данных, разработанная в Лаборатории системной биологии, Университет Хельсинки.
Anduril разработан для обеспечения систематического, гибкого и эффективного анализа данных, особенно в области высокопроизводительных экспериментов в биомедицинских исследованиях. В настоящее время система рабочего процесса предоставляет компоненты для нескольких типов анализа, таких как секвенирование, экспрессия гена, SNP, ChIP-on-chip, сравнительная геномная гибридизация и анализ микроматрицы экзонов, а также цитометрия и анализ изображений клеток.
Рабочий процесс - это последовательность этапов обработки, связанных вместе, так что выходные данные одного этапа используются как входные данные другого. Этапы обработки реализуют задачи анализа данных, такие как импорт данных, статистические тесты и создание отчетов. В Anduril этапы обработки реализуются с использованием компонентов, которые представляют собой повторно используемый исполняемый код, который может быть написан на любом языке программирования. Компоненты объединяются в рабочий процесс или сеть компонентов, выполняемую механизмом рабочего процесса Anduril. Конфигурация рабочего процесса выполняется с помощью простого, но мощного языка сценариев AndurilScript. Конфигурирование и выполнение рабочего процесса может быть выполнено из Eclipse, популярного многоцелевого графического интерфейса пользователя, или из командной строки.
Ядро движка Anduril написано на Java, а компоненты написаны на различных языках программирования, включая Java, R, MATLAB, Lua, Perl и Python. Компоненты также могут иметь зависимости от сторонних библиотек, таких как Bioconductor. Предоставляются компоненты для визуализации клеток и анализа микрочипов, но пользователи могут реализовать дополнительные компоненты. Ядро Anduril было протестировано в Linux и Windows.
Hello world в AndurilScript - это просто
std.echo ("Hello world!")
Комментирование следует синтаксису Java:
/ / Простой комментарий / * Другой простой комментарий * / / ** Описание, которое будет включено в описание компонента * /
Компоненты вызываются путем присвоения их вызовов именованным экземплярам компонентов. Имена нельзя повторно использовать в рамках одного рабочего процесса. Есть специальные компоненты для входных файлов, которые включают в сценарий внешние файлы. Поддерживаемые атомарные типы - целые, плавающие, логические и строковые, а типизация выполняется неявно.
in1 = INPUT (path = "myFile.csv") constant1 = 1 componentInstance1 = MyComponent (inputPort1 = in1, inputParam1 = constant1)
Рабочие процессы создаются путем присвоения выходных данных экземпляров компонентов входам следующих компонентов.
componentInstance2 = AnotherComponent (inputPort1 = componentInstance1.outputPort1)
Экземпляры компонентов также могут быть упакованы как функции.
function MyFunction (InType1 in1,..., необязательный InTypeM inM, ParType1 param1,..., ParTypeP paramP = defaultP) ->(OutType1 out1,..., OutTypeN outN) {... операторы... return record (out1 = x1,..., outN = xN)}
Помимо стандартных операторов if-else и switch-case, AndurilScript также включает циклы for.
// Итерации по 1, 2,..., 10 array = record () для i: std.range (1, 10) {array [i] = SomeComponent (k = i)}
Андурил может иметь несколько уровней. Пользователи могут добавлять новые компоненты к существующим комплектам компонентов. Однако, если новый компонент или компоненты выполняют задачи, не связанные с существующими пакетами, пользователи также могут создавать новые пакеты.
Moksiskaan - это интеграция данных структура для исследований рака и молекулярной биологии. Фреймворк предоставляет реляционную базу данных, которая представляет собой график биологических объектов, таких как гены, белок, лекарства, пути, болезни, биологические процессы, клеточные компоненты и молекулярные функции. Кроме того, на основе этих данных создан широкий набор инструментов для анализа и присоединения. Подавляющее большинство этих инструментов реализовано как компоненты и функции Anduril.
Моксискаан используется в основном для интерпретации списков генов-кандидатов, полученных в результате геномных исследований. Его инструменты можно использовать для создания графиков биологических объектов, связанных с входными генами. Точное значение этих графиков может варьироваться от прогнозов мишени лекарственного средства до временного ряда сигнальных каскадов. Некоторые из целей этих инструментов тесно связаны с IPA.