Войти
| Alphaproteobacteria | |
|---|---|
 | |
| Просвечивающая электронная микрофотография Wolbachia в клетке насекомого.. Предоставлено: Публичная научная библиотека / Скотт О'Нил | |
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Протеобактерии |
| Класс: | Alphaproteobacteria. Garrity et al. 2006 |
| Подклассы | |
| |
Alphaproteobacteria - это класс из бактерий в типе Протеобактерии (см. Также бактериальную таксономию ). Его члены очень разнообразны и имеют мало общего, но, тем не менее, имеют общего предка. Как и все Proteobacteria, его члены грамотрицательны, а некоторые из его внутриклеточных паразитарных членов не имеют пептидогликана и, следовательно, являются грамм-переменными.
Alphaproteobacteria - это разнообразный таксон и включает несколько фототрофных родов, несколько родов, метаболизирующих C1-соединения (например, Methylobacterium spp.), Симбионты растений (например, Rhizobium spp.), эндосимбионты членистоногих (Wolbachia ) и внутриклеточные патогены (например, Rickettsia ). Более того, этот класс включает (как вымерший член) протомитохондрию, бактерию, которая была поглощена эукариотическим предком и дала начало митохондриям, которые являются органеллами в эукариотических клетках (см. эндосимбиотическая теория ). Технологический интерес представляет собой Rhizobium radiobacter (ранее Agrobacterium tumefaciens): ученые часто используют этот вид для переноса чужеродной ДНК в геномы растений. Аэробные аноксигенные фототрофные бактерии, такие как Pelagibacter ubique - это широко распространенные альфа-протеобактерии, которые могут составлять более 10% микробного сообщества открытого океана.
Существуют некоторые разногласия по филогенезу отрядов , особенно в отношении местонахождения Pelagibacterales, но в целом есть определенный консенсус. Разногласия происходят из-за большой разницы в содержании генов (например, оптимизация генома у Pelagibacter ubique) и большой разницы в GC-богатстве между членами нескольких порядков. В частности, Pelagibacterales, Rickettsiales и Holosporales содержат виды с геномами, богатыми AT. Утверждалось, что это может быть случай конвергентной эволюции, которая приведет к искусственной кластеризации. Однако некоторые исследования расходятся во мнениях.
Кроме того, было обнаружено, что GC-содержание рибосомной РНК (традиционный филогенетический маркер для прокариот) мало отражает GC -содержание генома. Одним из примеров такой нетипичной декорреляции содержания GC рибосом с филогенезом является то, что члены Holosporales имеют гораздо более высокое содержание GC рибосом, чем представители Pelagibacterales и Rickettsiales, хотя они более тесно связаны с видами с высоким геномным содержанием GC, чем с представителями последних двух отрядов.
Класс Alphaproteobacteria делится на три подкласса Magnetococcidae, Rickettsidae и Caulobacteridae. Базальная группа - это Magnetococcidae, которая состоит из большого разнообразия магнитотаксических бактерий, но описана только одна, Magnetococcus marinus. Rickettsidae состоит из внутриклеточных Rickettsiales и свободноживущих Pelagibacterales. Caulobacteridae состоит из Holosporales, Rhodospirillales, Sphingomonadales, Rhodobacterales, Caulobacterales, Kiloniellales, Kordiimonadales, Parvularculales и Sneathiellales.
Сравнительный анализ секвенированных геномов также привел к открытию многих консервативных вставок-делеций (инделей) в широко распространенных белках и целых белки (т.е.), которые являются отличительными характеристиками либо всех Alphaproteobacteria, либо их различных основных порядков (а именно Rhizobiales, Rhodobacterales, Rhodospirillales, Rickettsiales, Sphingomonadales и Caulobacterales) и семейств (viz. Rickettsiaceae, Anaplasceriae, Brasilaceae, Brasilaceae, Brasilaceae, Brasilaceae, Brasilaceae, Brasiloscerae и Sp. Bartonellaceae).
Эти молекулярные сигнатуры предоставляют новые средства для ограничения этих таксономических групп и для идентификации / отнесения новых видов к этим группам. Филогенетический анализ и консервативные индели в большом количестве других белков свидетельствуют о том, что Alphaproteobacteria разветвились позже, чем большинство других типов и классов бактерий, за исключением Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria.
В настоящее время принятая таксономия - это на основе Списка прокариотических названий, стоящих в номенклатуре (LPSN) и Национального центра биотехнологической информации (NCBI), а филогения основана на 16S рРНК - на основе LTP версии 106, разработанной Проектом «Все виды живого дерева»
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Примечания:. ♠ Штаммы, обнаруженные в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не перечисленные в Списке имен прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN).
Aquaspirillum теперь относится к Betaproteobacteria. Более новое дерево, основанное на 16S и 23S рРНК (и других данных), предоставлено Ferla et al. (2013) следующим образом:
| Схема филогении рибосомных РНК Alphaproteobacteria |
