AceDB

AceDB- это биологическая база данных для обработки геномных данных. Он был разработан Ричардом М. Дурбином и Жаном Тьерри-Мигом в 1989 году. AceDB - это база данных C. elegans. Хотя AceDB изначально создавалась как база данных специально для червя нематод, она также стала обозначать само программное обеспечение базы данных, которое использовалось для хранения информации о других видах. Согласно его веб-сайту, AceDB предоставляет настраиваемое ядро ​​базы данных с нестандартной моделью данных, разработанное с учетом гибкости. Например, существует экземпляр AceDB для организма Pristionchus pacificus под названием AppaDB. Большая часть функциональных возможностей AceDB для C. elegans стала доступной через базу данных WormBase.

Функции включали:

• графический пользовательский интерфейс со множеством конкретных дисплеев и инструментов для геномных данных
• программное обеспечение с открытым исходным кодом
• , который реализует простой интерфейс веб-браузера, позволяющий получить доступ к базе данных из любого места
• Легко взаимодействует с Perl, Java и CORBA
• Инструменты для сравнительного анализа генома, включая Oxford Grid, The Pairwise Chromosome Map, The One-to-Many Chromosome Map, The Species Grid, Translocation Grid
• встроенная возможность обработки филогенетических данных
• легко связывается с внешними приложениями, такими как [Cmap | http: //soybeanbreederstoolbox.org/]
• , разработанные для работы в операционной системе Unix, с использованием X-Windows для графики, с локальной копией файлов базы данных

Разработка AceDB, похоже, прекратилась, поскольку интерфейс все еще использует старую технологию, и многие сайты, которые первоначально использовали ее, имеют обновлено до более нового программного обеспечения.

Вы можете увидеть дополнительные снимки экрана программного обеспечения на их веб-сайте в Кратком руководстве.

• https: // www. sanger.ac.uk/science/tools/acedb

.