После Чемпионата Европы по футболу ConIFA 2015, в котором команды из Абхазии и Южной Осетии было отказано в выдаче визвенгерским правительством, ConIFA объявила, что они выступили с резкими возражениями против того, что они считают политическим вмешательством. Как следствие, в июле 2015 года ConIFA объявила, что ее исполнительный комитет единогласно проголосовал за присуждение Абхазии чемпионата мира по футболу 2016 года. В нем говорилось, что, помимо качества предложения, решение станет сигналом о том, что ConIFA поддержит всех своих членов.
Частичная карта мира с указанием национальных команд, вошедших в 2016 ConIFA World Футбольный кубок. Обратите внимание, что команды Пенджаба и Чагоса в основном состояли из членов диаспоры, проживающих в Англии.
Чемпионат мира по футболу 2016 года был первым турниром ConIFA, в котором проводилась квалификация, поскольку участники как предыдущего турнира, так и европейского чемпионата 2015 Был приглашен кубок по футболу. Квалификационный процесс был построен на нескольких различных турнирах; Первоначально ConIFA объявила, что три лучшие команды в EFC 2015 года автоматически пройдут квалификацию на WFC 2016 года. После этого решения ConIFA объявила, что санкционирует ряд товарищеских турниров с участием своих участников в рамках квалификации, первым из которых станет Niamh Challenge Cup, турнир для четырех команд, организованный Эллан Ваннин. Еще один турнир, Benedikt Fontana Cup, также планировалось провести Рэтией. Победители этих турниров получат право на участие в WFC.
В дополнение к организаторам и командам, получившим доступ к турниру через квалификационный процесс, ConIFA направила приглашение команде, представляющей народ аймара, стать первыми Южноамериканская сторона будет участвовать.
Двенадцать команд-участниц были разделены на три корзины по четыре для группового этапа, в результате чего они были разделены на четыре группы по три. Жеребьевка была проведена президентом мира ConIFA Пер-Андерсом Блиндом в Лулео 1 апреля 2016 г.:
В декабре 2015 года, следуя совету Министерства иностранных дел и по делам Содружества Великобритании по поводу проблем безопасности, связанных с поездкой в Абхазию, Независимый футбольный альянс острова Манкс объявил, что Команда Эллана Ваннин откажется от участия в чемпионате мира по футболу и вместо этого примет участие в чемпионате Европы по футболу 2016 года в Италии. Впоследствии и команда Аймара, и графство Ницца также отказались от участия.
В марте 2016 года ConIFA объявила, что Падания была исключена из турнира из-за процедурных нарушений и заменена на Секели Лэнд.
. В мае 2016 года, за три недели до этого К началу турнира ConIFA объявила, что команда ромов была вынуждена отказаться от участия в турнире из-за трудностей с получением проездных документов для своей команды. Изгнанный Падания был приглашен занять место цыганской команды.